如何在 R plotly 等值线图中使用非默认色标？

Question

我正在使用 plotly 在 R 中创建叶绿体图，我遇到的唯一麻烦是设置不同的色标。我想使用 viridis 包中的 magma colorscale，但我似乎无法找出正确的方法。我试过谷歌搜索和搜索，但没有任何答案是有效的。有人有什么建议吗？

我得到的错误是："unique() only applies to vectors." 我试过设置 "discrete = TRUE" 但这不起作用。

如果您需要更多信息，请告诉我。

create_cw_map <- function(data, color_var) {
  if (is.null(data))
    return(NULL)

  g <- list(scope = "usa",
           projection = list(type = "albers usa"),
           showlakes = FALSE)

  cw_map <- plot_geo(data,
                     locationmode = "USA-states") %>%
            add_trace(z = ~ get(color_var),
                      locations = ~ state,
                      color = ~ get(color_var),
                      colorscale =  scale_fill_viridis(option = "magma")) %>%
            colorbar(title = color_var) %>%
            layout(geo = g)

            print(cw_map)
}

Answer 1

我无权访问您的数据。所以我决定使用 plotly 包中的教程数据来演示如何使用 viridis 颜色。

连续变量

如果您阅读 plot_ly() 的帮助页面，您会看到 colors 被指定为 colorbrewer2.org 调色板名称（例如 "YlOrRd" 或 "Blues")，或以十六进制“#RRGGBB”格式进行插值的颜色向量，或颜色插值函数，如 colorRamp()。您可以做的是使用 viridisLite 包中的 magma() 创建颜色矢量。这里我指定了colors = magma(50, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1)。 n = 50 表示我想要颜色向量中的 50 种颜色。您想根据自己的情况使用这个数字。

library(dplyr)
library(viridis)
library(plotly)

df <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/plotly/datasets/master/2011_us_ag_exports.csv")
df$hover <- with(df, paste(state, '<br>', "Beef", beef, "Dairy", dairy, "<br>",
                       "Fruits", total.fruits, "Veggies", total.veggies,
                       "<br>", "Wheat", wheat, "Corn", corn))

# give state boundaries a white border
l <- list(color = toRGB("white"), width = 2)

# specify some map projection/options
g <- list(scope = 'usa',
          projection = list(type = 'albers usa'),
          showlakes = TRUE,
          lakecolor = toRGB('white'))

p <- plot_geo(df, locationmode = 'USA-states') %>%
       add_trace(z = ~total.exports,
                 text = ~hover,
                 locations = ~code,
                 color = ~total.exports,
                 colors = magma(50, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1)) %>%
       colorbar(title = "Millions USD") %>%
       layout(title = '2011 US Agriculture Exports by State<br>(Hover for breakdown)',
              geo = g)

分类变量

发布我的答案后，我以为您使用的是分类变量。我试过这个例子，认为在 plotly 中创建一个带有这样一个变量的叶绿体图是很棘手的。至少，我可以根据分类变量为多边形分配颜色，但颜色条以一种有趣的方式出现。所以我删除了它。（如果有人可以改进这部分，请这样做。）

使用相同的数据，我做了以下操作。我在 dplyr 包中使用 ntile() 创建了一个分类变量。我在 total.exports 中随机创建了 9 个关卡。然后，我使用 magma() 创建了九种颜色。我在下面画图的时候用的是colors = foo[df$export_nth]。这基本上是使用 foo 创建 50 种颜色。 export_nth 用作索引号。我希望这能帮助你思考如何解决你的情况。

mutate(df, export_nth = ntile(x = total.exports, n = 9)) -> df

# Create a magma color vector

foo <- magma(n = 9, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1)

p <- plot_geo(df, locationmode = 'USA-states') %>%
     add_trace(z = ~export_nth,
               text = ~hover,
               locations = ~code,
               colors = foo[df$export_nth],
               color = ~export_nth,
               showscale = FALSE) %>%
     layout(title = '2011 US Agriculture Exports by State<br>(Hover for breakdown)',
            geo = g)

如何在 R plotly 等值线图中使用非默认色标？

How to use a non-default colorscale in R plotly chloropleth maps?

maps

r

colors

plotly

viridis