Travis CI 使用 C++、Rcpp 和 RcppArmadillo 的 R 包构建错误

Question

的 GitHub 回购

我已经能够在 Windows、MacOS 和具有 devtools::install_github("ntthung/ldsr")

的 Linux 集群上从源代码安装此软件包

我正在尝试集成 Travis CI，但在构建时，我收到以下错误

Error: package or namespace load failed for ‘ldsr’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/tmp/RtmpK7z3X6/Rinst2ef05609c709/00LOCK-ldsr/00new/ldsr/libs/ldsr.so':/tmp/RtmpK7z3X6/Rinst2ef05609c709/00LOCK-ldsr/00new/ldsr/libs/ldsr.so: undefined symbol: dpotrf_

我发现 dpotrf_ 属于一个名为 libflame 的库。所以我用 te 命令 Sys.setenv("PKG-LIBS"="-llibflame") 创建了文件 Rload.R 并将以下内容添加到 .travis.yml

script:
    - Rscript Rload.R
    - R CMD build . --compact-vignettes=gs+qpdf
    - R CMD check *tar.gz --as-cran

但我仍然得到同样的错误。

我的包使用 Rcpp 和 RcppArmadillo。

请帮忙！谢谢。

Answer 1

这看起来像是没有正确的 src/Makevars 的基本错误，因为例如 RcppArmadillo.package.skeleton() 和其他

]

因此，作为第一个基本修复尝试，从 RcppArmadillo 复制文件 inst/skeleton/Makevars，其中包含

## With R 3.1.0 or later, you can uncomment the following line to tell R to 
## enable compilation with C++11 (where available)
##
## Also, OpenMP support in Armadillo prefers C++11 support. However, for wider
## availability of the package we do not yet enforce this here.  It is however
## recommended for client packages to set it.
##
## And with R 3.4.0, and RcppArmadillo 0.7.960.*, we turn C++11 on as OpenMP
## support within Armadillo prefers / requires it
CXX_STD = CXX11

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS) 
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

你确实复制了 Windows 变体 Makevars.win 你只是忘记了主要的。

并且 dpotrf_ 是标准的 LAPACK 符号，因此对于更有经验的用户来说，错误是显而易见的（而且这个问题也可能是重复的）。此外，使用 RcppArmadillo 查看 600 多个其他 CRAN 软件包的来源通常也是一个好主意——它们都在用户 cran.

下的 GitHub 上

Travis CI 使用 C++、Rcpp 和 RcppArmadillo 的 R 包构建错误

Travis CI build error with my R package that uses C++, Rcpp and RcppArmadillo

r

rcpp

travis-ci

rcpparmadillo