如何使用匹配的节点坐标在 R 中的 iGraph 中创建图（并删除没有边的节点）

Question

所以，这个问题实际上是一个由两个部分组成的问题，我认为它有一些复杂的背景，但我真的希望 solution/s 不会那么棘手。

本质上，我正在使用 iGraph 在 R 中绘制生物通路，我的目的是从每个通路中获取一个基因子集（节点）并绘制它们，然后获取第二个（和 third/fourth）基因子集并绘制那些。为了便于查看，我将网络绘制为树状图，而且我还特别希望每个路径子集在相同位置具有相同的节点（一些子集仅在 1/2 个节点上不同，一些在几十个节点上不同）。同样，这是为了便于查看（而不是命名），例如，我希望 GENE1 和 GENE2 每次都处于相同的相对位置，但显然在某些图中 GENE1 或 GENE2 不会目前。

这是我当前的代码（以及一些评论）和一些上传的示例图：

coords = layout_as_tree(isubpathway_info, ### isubpathway_info is the iGraph object
                          root = match(geneKEGG, V(isubpathway_info)$name), ### Matching the nodes to names
                          circular = FALSE,
                          flip.y = FALSE,
                          mode = "all")

为清楚起见编辑： 上面和下面是循环中出现的代码的两个相关部分。每个循环的主要变化是它加载不同的图形对象，并且只使用循环的第一个实例来创建坐标。我没有包含其余代码，因为它似乎与问题无关。

### This is done as a loop, so the isubpathway_info is different each time but coords should be the same
### I.e.: different nodes/edges but same coordinates

plot(isubpathway_info,
       layout = coords,
       vertex.size = 50,
       #vertex.label = gene_details$hgnc_symbol[gene_nums], ### I'm not currently using this because labels basically obscure everything
       vertex.label = NA,
       rescale = FALSE,
       ylim = c(1,4),
       xlim = c(-10,10),
       asp = 0
       )

问题：

因此，如您所见，绘图似乎几乎正在做我想做的事情。然而，出于某种原因，它仍在绘制所有节点，尽管事实上它在每种情况下都使用不同的节点子集（和相同的坐标）。有谁知道我该如何解决这个问题？
我的第二个问题与前者无关，但仍涉及同一段代码。您可能已经注意到这些图非常小，而且我在图中有 rescale = FALSE。这似乎是我能找到的使整个图真正适合 RStudio window 的唯一方法，但它并不理想，而且它的实际大小似乎有点不可预测。因此，如果有人知道更好的方法，也将不胜感激！

编辑 2：

应其中一位评论者的要求，我试图为我的问题创建一个可重现的示例。这让我想到了另一个问题，这个问题似乎，但是，他们使用的解决方案似乎对我不起作用。

set.seed(123)

g_overall = erdos.renyi.game(25, 0.3)

removals1 = c("2" ,"5" ,"13", "19", "25")
removals2 = c("2" ,"5" ,"11", "13", "19", "22", "24", "25")

g1 = induced_subgraph(g_overall, V(g_overall)[-as.numeric(removals1)])
g2 = induced_subgraph(g_overall, V(g_overall)[-as.numeric(removals2)])

coords = layout_as_tree(g1,
                    root = 1,
                    circular = FALSE,
                    flip.y = FALSE,
                    mode = "all")

plot.igraph(g1,
        layout = coords)

plot.igraph(g2,
        layout = coords[-as.numeric(removals),])

一些注意事项：

为了简单起见，我从绘图函数中删除了大部分大小调整方面的内容（稍后我将重新讨论）。
理论上我将比较的子路径都来自一个更大的路径，因此我从一个更大的图形对象创建两个图形对象的原因（这实际上将通过不同的方法完成，但我希望这足够相似）。您也可能会说我没有考虑到 g2 有一个 g1 没有的节点的任何情况，但我希望这对我来说不是问题。
您可能还注意到，无论出于何种原因，我使用的这种删除方法实际上并没有正确删除预期的顶点（例如，两边都不应该有“5”顶点，但两者都有）。这本身就是一种痛苦，但这并不是我所关心的。更让我困扰的是，理论上，当数字出现时，它们应该在每张图中的相同位置。但他们不是...

我真的希望这能让有人来救我！

P.s。在这种情况下，g1 和 g2 在循环的不同迭代中都是 isubpathway_info。

Answer 1

我会计算 g_overall 上的坐标，然后使用先前计算的坐标在子图上绘制图（一旦不再存在于图中的节点的坐标被删除）。换句话说：

set.seed(123)

g_overall = erdos.renyi.game(25, 0.3)

coords = layout_as_tree(g_overall,
                    root = 1,
                    circular = FALSE,
                    flip.y = FALSE,
                    mode = "all")

removals1 = c("2" ,"5" ,"13", "19", "25")
removals2 = c("2" ,"5" ,"11", "13", "19", "22", "24", "25")

g1 = delete_vertices(g_overall, removals1)
g2 = delete_vertices(g_overall, removals2)

plot.igraph(g1,
        layout = coords[-as.numeric(removals),])

plot.igraph(g2,
        layout = coords[-as.numeric(removals),])

如何使用匹配的节点坐标在 R 中的 iGraph 中创建图（并删除没有边的节点）

How to create plots in iGraph in R with matching node coordinates (and removing nodes with no edges)

plot

r

igraph

rstudio