为 drake 使用专用环境，使用 r_make()

Question

我正在尝试调整第 12.7.6.5 of the manual 节中关于使用专用环境（而不是全局环境）的建议，以便与 r_make() 进行交互使用。

我做的是修改_drake.R配置脚本如下：

envir <- new.env(parent = globalenv())
source("R/packages.R", local = envir)  # Load your packages, e.g. library(drake).
source("R/functions.R", local = envir) # Define your custom code as a bunch of functions.
source("R/plan.R", local = envir)      # Create your drake plan.
drake_config(plan, envir = envir)

对于任何包、功能和计划。当我运行

library(drake)
r_make()

我得到：

Error in if (nrow(plan) < 1L) { : argument is of length zero

Error: <callr_status_error: callr subprocess failed: argument is of length zero>
-->
<callr_remote_error in if (nrow(plan) < 1L) { ...:
 argument is of length zero>
 in process 1598 

See `.Last.error.trace` for a stack trace.

我是不是漏掉了什么？

Answer 1

如果您已经在使用 r_make()，您很可能不需要为 envir 操心。因为 r_make() 开始和结束在它自己的隔离 callr::r() 进程中，所以主会话的全局环境已经受到保护。事实上，r_make()在环境再现性方面比envir好得多，所以你已经在正确的轨道上了。

但如果您仍然想使用envir，请确保计划是在调用drake_config()的环境中定义的：即运行[=的会话的全局环境20=]。所以你可以调用 drake_config(envir$plan, envir = envir) 或写 source("plan.R") 而不是 source("plan.R", local = envir).

示例：

writeLines(
  c(
    "library(drake)",
    "plan <- drake_plan(x = 1)"  
  ),
  "plan.R"
)
writeLines(
  c(
    "envir <- new.env(parent = globalenv())",
    "source(\"plan.R\", local = envir)",
    "ls() # does not contain the plan",
    "ls(envir) # contains the plan",
    "drake_config(envir$plan, envir = envir)"
  ),
  "_drake.R"
)

cat(readLines("plan.R"), sep = "\n")
#> library(drake)
#> plan <- drake_plan(x = 1)

cat(readLines("_drake.R"), sep = "\n")
#> envir <- new.env(parent = globalenv())
#> source("plan.R", local = envir)
#> ls() # does not contain the plan
#> ls(envir) # contains the plan
#> drake_config(envir$plan, envir = envir)

library(drake)
r_make()
#> [32mtarget[39m x

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020 年 1 月 13 日创建

writeLines(
  c(
    "library(drake)",
    "plan <- drake_plan(x = 1)"  
  ),
  "plan.R"
)
writeLines(
  c(
    "envir <- new.env(parent = globalenv())",
    "source(\"plan.R\") # source into global envir",
    "ls()",
    "ls(envir)",
    "drake_config(plan, envir = envir)"
  ),
  "_drake.R"
)

cat(readLines("plan.R"), sep = "\n")
#> library(drake)
#> plan <- drake_plan(x = 1)

cat(readLines("_drake.R"), sep = "\n")
#> envir <- new.env(parent = globalenv())
#> source("plan.R") # source into global envir
#> ls()
#> ls(envir)
#> drake_config(plan, envir = envir)

library(drake)
r_make()
#> [32mtarget[39m x

^{由 reprex package (v0.3.0)}

于 2020 年 1 月 13 日创建

为 drake 使用专用环境，使用 r_make()

Use a dedicated environment for drake, with r_make()

drake-r-package