无法从 Microsoft Store 为 Windows 10 在 Ubuntu 上安装 Bio::SeqIO 模块

Question

我使用 Ubuntu 18.04 LTS for Windows 来自 Microsoft store，并尝试使用 cpanm Bio::SeqIO 安装 BioPerl 模块 Bio::SeqIO。 Perl 版本是 v5.26.1。似乎模块安装失败：

! Installing the dependencies failed: Module 'XML::Twig' is not installed, Module 'XML::LibXNL::Reader' is not installed, Module 'XML::LibXML' is not installed, Module 'XML::Parser::PerlSAX' is not installed, Module 'XML::DOM::XPath' is not installed, Module 'XML::DOM' is not installed
! Bailing out the installation for BioPerl-1.7.7
58 distributions installed

如果我运行一个带有行的脚本使用 Bio::SeqIO;我得到一个错误：

    Can't locate Bio/SeqIO.pm in @INC (you may need to install the 
        Bio::SeqIO module) (@INC contains: ...

我不确定如何进行。我可以尝试安装 cpanm 失败的依赖项，但我不知道这是否是正确的方法。

Answer 1

我在我的 Windows 10 笔记本电脑上试过这个：

已安装 WSL Ubuntu 18.10，如 here 所述，然后

使用系统 perl，即 /usr/bin/perl（也许使用 perlbrew 并安装自定义 perl 等会更好避免使用来自 Linux 终端的 sudo) window:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install make gcc libexpat1-dev
sudo cpan local::lib
sudo cpan App::cpanminus
sudo cpanm -n Time::Zone  # <-- failed tests
sudo cpanm -n XML::DOM::XPath # <-- failed tests
sudo cpanm Bio::SeqIO

这对我有用。

Answer 2

也许 sudo apt-get install bioperl bioperl-run 会安装您在功能中可能需要的所有模块。

Bioperl

无法从 Microsoft Store 为 Windows 10 在 Ubuntu 上安装 Bio::SeqIO 模块

Unable to install Bio::SeqIO module on Ubuntu for Windows 10 from Microsoft Store

perl

windows-subsystem-for-linux

bioperl