hwloc + lstopo 无法在 Dual-CPU 机器上为 Open-MPI 生成拓扑

Question

我一直在尝试使用 openmpi 2.1.1-8（预装在 Ubuntu 18.04) 但是它无法运行并出现以下错误：

mpirun: pci-common.c:125: hwloc_pci_compare_busids: Assertion `0' failed.

检查 pci-common.c 的源代码，您可以在 assert(0) 行之前找到一条注释，该注释说明通常情况下什么都不应该达到这一点，并将中止所有调试和非调试构建。尝试通过 lstopo（hwloc 中的程序）生成系统拓扑图也失败并出现类似错误。

我能够在本地编译较新版本的 hwloc（2.0.4 与预装的 1.11.9-1 相比），发现当我编译 hwloc 时我只能让 lstopo 生成拓扑图使用libpciaccess-dev 在预装的标准 libpciaccess0 之上。使用不同 pciaccess 库制作 hwloc 的摘要输出显示以下结果

Probe / display I/O devices: PCI(linux) LinuxIO GL

Probe / display I/O devices: PCI(pciaccess+linux) LinuxIO GL

前者使用 libpciaccess0 编译，后者使用 libpciaccess-dev 编译。同样，后者是唯一能够生成系统拓扑图的工具，我的印象是 openmpi 需要此信息才能正确分散系统上的作业。我目前不确定如何将这些版本更改强制执行到当前的 openmpi 包，或者是否需要完全从源代码编译。是否有更简单的方法来解决这个问题？

Answer 1

通过反复试验解决了问题。首先，通过以下方式从系统中清除 openmpi 的安装（如果通过 apt 安装）：

sudo apt purge openmpi-bin
sudo apt purge openmpi-common

然后，从 https://www.open-mpi.org/software/hwloc/v1.11/ 下载 hwloc 1.11.13（超稳定）并解压到本地目录。进入hwloc目录，在命令行输入：

./configure
make
sudo make install

完成后，安装 libhwloc5，然后从 apt 安装 openmpi：

sudo apt-get install libhwloc5
sudo apt-get install openmpi-bin
sudo apt-get install openmpi-common

Open-MPI 现在应该运行如预期的那样，您应该能够通过运行ning 'lstopo' 生成系统拓扑并确保 mpi 通过运行ning 正常工作'mpirun' 没有错误。

希望这对以后遇到类似问题的人有所帮助！

hwloc + lstopo 无法在 Dual-CPU 机器上为 Open-MPI 生成拓扑

hwloc + lstopo Failing to Generate Topology on Dual-CPU Machine for Open-MPI

linux

apt

shared-libraries

openmpi