用于 3D 体积数据的 NIfTi 与 DICOM

NIfTi vs DICOM for 3D volumetric data

选择 NIfTi 而不是 DICOM(或即)作为数据格式的选择有什么主要好处吗?我正在研究 3D 体积语义分割。在输入网络之前,我必须将其中一种格式转换为 numpy 数组或张量,但对选择的性能优势感到好奇。

(这个问题有可能 opinion-based,所以尽量坚持事实。)

DICOM 是一种非常强大、灵活但复杂的格式,其优势在于提供不同硬件和软件之间的互操作性。然而,DICOM is not particularly efficient for image processing and analysis。 DICOM 的一个潜在缺点是单个体积存储为一系列二维切片,处理起来可能很麻烦。

NIfTi 是 Analyze 文件格式的改进版本,其设计比 DICOM 更简单,同时仍保留所有基本元数据。它还有一个额外的好处,就是能够在单个文件中存储一个卷,简单的 header 后跟原始数据。这使得它可以快速加载和处理。

several other medical file formats suitable for this task. You may also wish to consider NRRD 有很多与 NIfTi 相同的特性。格式简单,解析加载速度快,2、3、4D数据存储编码灵活。许多工具和库也可以处理 NRRD 文件。

因此,鉴于您的主要需求是高效存储和分析,NIfTi 或 NRRD 将是更好的选择。