运行 带有 scanpy 的 paga 时出现 ModuleNotFoundError

Question

我使用 scanpy 库尝试了 运行 下面的代码，但由于某种原因它报告了一个错误

ModuleNotFoundError: No module named 'igraph'

import numpy as np
import scanpy as sc 
import anndata

adata = anndata.AnnData(np.random.rand(300,300))
sc.tl.pca(adata, n_comps=30)
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=16)
sc.tl.diffmap(adata, n_comps=50)
sc.tl.louvain(adata, resolution=1)
sc.pl.paga(adata)

Answer 1

你只需要运行使用命令

安装igraph库

pip install python-igraph