来自 BioPython 的 Align.PairwiseAligner() 的内存错误
MemoryError from BioPython's Align.PairwiseAligner()
我正在尝试编写一个 Python3 脚本来执行两个序列的全局比对，长度约为 10 kb 和 11 kb。两者非常相似。 （我试图找到它们不匹配的几个点，我知道其中一个点接近查询序列的末尾，这就是局部比对不够充分的原因（BLASTN 只是裁剪最后 2 个碱基以获得更好的比对分数）。）
我曾希望能够为此使用 BioPython，特别是 Align.PairwiseAligner。但是，我遇到了 MemoryError。
有没有办法配置或使用 BioPython 来使用更少的内存（更多的运行时间完全没问题 - 当然在合理范围内）？或者我可以使用任何其他方法来执行 2 个序列的全局比对，而无需借助 Emboss Needle 等外部软件？
（这是一个更大软件的一部分。我已经必须同时发布 BLAST 和 BioPython。如果可以避免的话，我宁愿不必再发布另一个软件。）
这是一个 MVCE：
from Bio import Align
ref_seq = "GAAAGACCTGAAAGATCACGGTGCCTTCATTTCAACTGTGAGACATGAAGTAATTTTCCCAAATCTACAACATTAAGATATGGTGCAATAAGGACCAGATTAAAGGTCTCCTGATTTGCGGCCATGTTCCCTCCATCTCCTTTACTCCTAAACACACTCACACTCACTACTGCAAATAGTTGTCTTGTCAAGTGGGAAATGAATGCTCTTACAAGGCTCAAACTTGTGAACACATCACTGACCAGCACAGAGCTGGCTACAATAGCTCCCCAATTAAGGTGTTTTACATGCAACTGGTTCAAACCTTCCAAGTGCTAAATTAAAACAATCCTTTAAAGAAGGAAATTCTGTTTCAGAAGAGGACCTTCATACAGCATCTCTGACCAGCAACTGATGATGCTATTGAACTCAGATGCTGATTGGTTCTCCAACACGAGATTACCCAACCCAGGAGCAAGGAAATCAGTAACTTCCTCCCTATAACTTGGAATGTGGGTGGAGGGGTTCATAGTTCTCCCTGAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGGTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAGTAGTGACTATATTGTGTCTGAATTATTGACAGAATTTCTGATATTCATATGTACCAGGTTGTTTCTTAGAGTGGGAGCAGAGATGCAAGGGCTGCTAGTTCCGATGTGTAGGAGAAACTATCATTCATTTTGCATTTATCATTTTAAACGTTCTATATGTCTATCCTGGGCATGTGTTGAAGAACACAAGGAAGTATTAAATCACTCCTTCTTCTGAAGTTTGACTGGCAAAATTGGGCTAGAGTTACGAAATAAAATACAGGTTCCTAGTGAAATCTGAATTTCAGATACACAACCATAATTTATTGGAAATCCAAATTTAACTGGATATCTTCTATTATTCTCTGTTCTAGAACTCCACACTTCTAACATTTCTCATTCCTGTCTAAGCTCTTGTGTGTTTGGTTTTTGGCCATCGCTTTCACTGCTCTTTAAGCTCCCCCAGTAGAGTGGAGAGGTCTGTTTTCCCTCGTTTGGATTCCTACAGGCAGCGCAGGCCTGGCACAAGGTCATCACTAAGGAAGTGTTCACAGGGTGAAGGCGGTGGGTGCTGTTGAAGGAACCGGTAAAGCCTGTGGGATGAGAGAAGGAGCAGAGAGTGTTTTTGGGGTGGAGGCTCCCAGGAGGAGGCGGGACGGGCTGCGGTGCTGGGCGGATCCTCCTCCAGCTCCTGCTTGGAGGTCTCCAGAACAGGCTGGAGGCAGGGAGGGGGTCCCAAAAGCCTGGGGATGAGAAGGGGTTTTCCCGCATGGTCCCCCAGGCCCCCGTTCGCCTCAGGAAGACGGAGGATGAGCTCCTGGGCTGCTGGTGGTGGGCGTTGCGGGTGGGGCCGGTTAAGGTTCCCAGTGCCCGCACCCTGCCCAGGGAGCCCCGGATGGTGGCGTCGCTGTCAGTGTCTTCTCAGGAGGCTGCCCGTGTGACCGGATCCTTCGTGTCCCCACAGCACGTTTCTTGTGGCAGCTTAAGTTTGAATGTCATTTCTTCAATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTGCTGGAAAGATGCATCTATAACCAAGAGGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGGAGCTGGGGCGGCCTGATGCCGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACCTCCTGGAGCAGAGGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGTTGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTGAGCGCGGCGCGGGGCGGGGCCTGAGTCCCTGTAAGCGGAGAATCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAAAGAGAGAGAGCGCGCCATCTGTGAGCATTTAGAATCCTCTCAATCCCCAGCAAGCAGTTCTGAGAGCACAGGTGTGTGTGTAGAGTGTGGATTTGTCTGGGTATGTCTGTTGTGGGAGGGGAGGCAGGAGGGGGCTGATTCTTATCCTTGGAGACCTCTGTGGGGAGGTGACAAGGGAGGTGGGTGCTGGGGGCTGGAGAGAGAGGAGACCTTGATTGTCTCGGGTCCTTAGAGATGCGGGGAAGGGAAATGTAAGGGGTGTGTGATTGGGGTGAAGGTTTAGGGGAGGACTGCTGAGGGGTAAGGAAGGTTTGGGATAATGTGAGGAGGCCGGTTCCAGACTCTCCCTGGCATACACCCTTCGTGTAATCTCTGAAATAAAAGTGTGTGCTGTTTGTTTGTAAAAGCATTAGATTAATTTCTAGAGGAACTGAGTAGACCTCTGAGGCACTCCTGAAGCTTCTTTATATCTAAATTTCTTGCTAGTTTTTTGGGTTTTTTTAGTGTGTATATTTTTACATAGTAGAAATGACTGTGAAACTAACTTTTTGAATTAAAGTTTTAACACAGTTACTATTTTATTATAATGCTAGTTTTCTAGTAGTTACATATTATTCTTTTATATATAATAGTTATGACACAACTCACCTCACTTTCCCCTTTGTTGACCTTTATTATGACATTCACCAAAAGTTGAAAATGTATGTTTCTGGTTAATTTTTAATTTATATTTTTTATTTGTAATTGCTTTGAATTATTTTGACCTATTTATTGGCGGATTATAATTATTGCTCTAAGAATTCCCTATTGTATTTGGTAGGCAATGGACAATGATCTATGGTCTGATATCTTGAGGGCTTAGTATTTTTCTCAGTGACTTTGTGGGTTCTTTGTGCTATAAGATTATTAACACTTTATTGATATTTGATCCAGCATTTGCTTCAGTTTGTGGTTTGTATGTGGATTTTGAAAGTTCTTTTCCATGTTAAGAATTTGAACTTTTTATTTAATAAAATATATTGCAAAATTTTTATTAATGATTTACAATCCATCTTAAATCTGCCATTTTGTGGCATTGTTGTCTCCAGGTTCCTCCTTACTTCTAAAAAAAATAGTTGTATTTATTGAGAGTATGCTAGTGTTGGGGATTTTCCTGGGCATAAGCACCCCAAGTAACAAGTCCCAGACACTGCCTTAATCCAAATGTGACTCTGGAAAGAAAAATCATTTTACAATGATAGGCCTAATAATAATTATGCTTGTGTTACACGGGAGATGCATTGATCAGCTAAATGTAAATATAAGAACTTTCAAAACTAAAATGACATTCCCTAATCCTTTTCTCTGCTTCGGGACTCATGCTTTTCTAGGAACGTAAAAATTTGGAGAATCATTTCTGTCTGTCCCACATTCCCAGGGGCAGAACAATTTCTGTTTTGTTCTAAGGTGTGAGTGCATGGCAGTAGTATTCCTAAAATTCATACTCGGTTTCCTCATGTACCCAATTCTGTCCCTTTATCTATGCATATTTCTTTAAATCATATTTTTCTGTCATGGGGTACAAGGATGATAAATAGGTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGATGAGCGCCCTCACAGTGGAATGGAGTGAGAAGCTTTCTGACCTTATAAACTGAAGGCTATCTTCAGTCATTGTTTTATATATTTTACATGCATTAATCCTCATATAACCCCAAGAGGTAAATTAGTATAATTATCCTTCATTGTAGGTGACAAAGTTGAGACACAGAAGAATCAAAAAACTCTTCCAGGATCAACCAGTAAAAGGCAGACCTTGGATTCGAACCAAGCAACCTGGCTCAAATATCAGTTTTAATTACTACACTCTATACTTTCCAAGATTTGTAAACAGTTTGACAATGCATGCCAATTTAAAGCTATGAAGAAACAAACACAATTTTTCACAACACCTCTCAAATCTAATGGGTCCTCACTGTCAAGATTAAATTCCAGGCTGATGACACTGTAAGGTCACATGGCCAGCTGTGCTATAGGCCTGGTCAAGGTCAGAGCCTGGGTTTGCAGAGAAGCAGACACACAGCCAAACCAGGAGACTTACTCTGTCTTCCTGACTCATTCTCTCTACATTTGTTTTCTCCTAGTTGAGCCTAAGGTGACTGTGTATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTGGTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTTCCGGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATCCAGAATGGAGATTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCTCGGAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGACGAGCCCTCTCACAGTGGAATGGAGTGAGCAGCTTTCTGACTTCATAAATTTCTCACCCACCAAGAAGGGGACTGTGCTAATCCCTGAGTGTCAGGTTTCTCCTCTCCCACACCCTATTTTCATTTGCTCCATGTTCTCATCTCCATCAGCACAGGTCACTGGGGGTAGCCCTGTAGGTGTTTCTAGAAACACCTGTACCTCCTGGAGAAGCAGTCTCACCTGCCAGGCAGGAGAGACTGTCCCTCTTTTGAACCTCCCCATGATTTCGCAGGTCAGGGTCACCCACTCTCCCCAGGCTCCAGGCCCTGCTTCTGGGTCTGAGACTGAGTTTCTGGTGCTGTTGCTCTGAGTTATTTTTTGTGATCTGGGAAGAGGAGAAGTGTAGGGGCCTACCTGACATGAGGGGAATCCAATCTCAGCCCTGCCTTTTATTAGCTCTGTCACTCTAGACAAACTACTTAGCTTCATTGAGTCTCAGGCTTTCTGTTGATCAGATGTTGAACGCTTGCCTTACATCAAGGCTGTAATATTTGAATGAGTTTGATGTCTGAACATCGTAACTGTTCAGCGTGATTTGAAATCCTTTTTTTCTCCTGAAATGGCTAGTTATTTTAATTCTTGTGGGGCAGGCTTCTGCCCCATTTTCAAAGCTCTGAATCTTAGAGTCTCAATTAAAGAGGTTCAATTTGGAATAAGCATCACTAAACCTGGATTCCTCTCTCAGGAGCACGGTCTGAATCTGCACAGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTCGTGCTGGGCCTGCTCTTCCTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTGAGGAGCCTTTGGGAGCTGACTCTCTCCATAGGCTTTTCTGGAGGAGGAACCATGGTTTTGCTGAGAGGTTAGTTCTCAGTATACGAGTGGCCCTGAATAAAGCCTTTCTTTCCCCAAACGGCTCTAATGTCCTGCTAATCCAGAAATCATCAGTGCATGGTTACTATGTCAAAGCATAATAGCTTGTGGCCTGCAGAGACAAGAGGAAGGTTAACAAGTAGGGGTCCTTTTGTTTGAGATCCTGGAGCAAATTAAGGAAGAGCCACTAAGGCTAATGGAATTACACTGGATCCTGTGACAGACACTTCAGGCTTCATGGGTCACATGGTCTGTCTCTGCTCCTTTCTGCCCCTTTCTGCCCTGGTTGGTGCGGGTTGTGGTGTTAGAGAAATCTCAGGTGGGAGATCTGCGGCTGGGACATTGTGTTGGAGGACAGATTTGCTTCAATAACTTTTAAGTGTATTTCTTTTCCTCTTTTTCCCAGGACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCTTTTAATCCTCTTTTAGAAACAGACACAGTTTCCCTAGTGAGAGGTGAAGCCAGCTGGACTTCTGGGTGGGGTGGGGACTTGGAGAACTTTTCTTACAAGAGGTTTCTAAATGCCCCAATCAGTGCTTTGTAAAAACACACCAATAGGTTCTCTGTGGCTAGCTGGATGTTTGTAAAATGGACCAATTTGCACTCTGTAAAATGGACCAATCAGCATTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTTTTAAAATGGGCCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCTGCAGGACATGGGCAGGGACAAATACAGGAATAAAAGCTGGCCACCCCAACCAGCAGTGGCAACCCACTCAGGTCCTCTTCCCTGCTGTGGAAGTTTTGTTCTTTTGATCTTCACAATAAATCTTGCTGCTGCCTACTCTTTGGGTCCCTGCCGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCACTGTGAAGGTCTGCTTGAAGTCAGCGAGACCACAAACCCACTGGAAGGAACAAACTGCGGACACACTAGAATGATGGTAGAGGTGATAAGGCATGAGACAGAAATAATAGGAAAGACTTTGGATCCAAATTTCTGATCAGGCAATTTACACCAAAATTCCTCCTCTCCACTTAGAAAAGGGCTGTGCTCTGCGGGACTATTGGCTCAGGGGAGACTCAGGAACTTGTTTTTCTGCTTCCTGCAGTGCTCTCATCTGAGCCCTTGAAAGAGGAGAAAAGAAACTGTTAGTAGAGCCAGGTTGAAAACAACACTCTCCTCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGAGCTGAAATGCAGATGACCACATTCAAGGAAGAACCTTCTGTCCCAGCTTTGCAGAATGAAAAGCTTTCCTGCTTGGCAGTTATTCTTCCACAAGAGAGGGCTTTCTCAGGACCTGGTTGCTACTGGTTCGGCAACTGCAGAAAATGTCCTCCCTTGTGGCTTCCTCAGCTCCTGCCCTTGGCCTGAAGTCCCAGCATTGATGACAGCGCCTCATCTTCAACTTTT"
query_seq = "GAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGCTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAGTAGTGACTATATTGTGTCTGAATTATTGACAGAATTTCTGATATTCATATGTACCAGGTTGTTTCTTAGAGTGGGAGCAGAGATGCAAGGGCTGCTAGTTCCGATGTGTAGGAGAAACTATCATTCATTTTGCATTTATCATTTTAAACGTTCTATATGTCTATCCTGGGCATGTGTTGAAGAACACAAGGAAGTATTAAATCACTCCTTCTTCTGAAGTTTGACTGGCAAAATTGGGCTAGAGTTACGAAATAAAATACAGGTTCCTAGTGAAATCTGAATTTCAGATACACAACCATAATTTATTGGAAATCCAAATTTAACTGGATATCTTCTATTATTCTCTGTTCTAGAACTCCACACTTCTAACATTTCTCATTCCTGTCTAAGCTCTTGTGTGTTTGGTTTTTGGCCATCGCTTTCACTGCTCTTTAAGCTCCCCCAGTAGAGTGGAGAGGTCTGTTTTCCCTCGTTTGGATTCCTACAGGCAGCGCAGGCCTGGCACAAGGTCATCACTAAGGAAGTGTTCACAGGGTGAAGGCGGTGGGTGCTGTTGAAGGAACCGGTAAAGCCTGTGGGATGAGAGAAGGAGCAGAGAGTGTTTTTGGGGTGGAGGCTCCCAGGAGGAGGCGGGACGGGCTGCGGTGCTGGGCGGATCCTCCTCCAGCTCCTGCTTGGAGGTCTCCAGAACAGGCTGGAGGCAGGGAGGGGGTCCCAAAAGCCTGGGGATGAGAAGGGGTTTTCCCGCATGGTCCCCCAGGCCCCCGTTCGCCTCAGGAAGACGGAGGATGAGCTCCTGGGCTGCTGGTGGTGGGCGTTGCGGGTGGGGCCGGTTAAGGTTCCCAGTGCCCGCACCCTGCCCAGGGAGCCCCGGATGGTGGCGTCGCTGTCAGTGTCTTCTCAGGAGGCTGCCCGTGTGACCGGATCCTTCGTGTCCCCACAGCACGTTTCTTGTGGCAGCTTAAGTTTGAATGTCATTTCTTCAATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTGCTGGAAAGATGCATCTATAACCAAGAGGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGGAGCTGGGGCGGCCTGATGCCGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACCTCCTGGAGCAGAGGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGTTGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTGAGCGCGGCGCGGGGCGGGGCCTGAGTCCCTGTAAGCGGAGAATCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAAAGAGAGAGAGCGCGCCATCTGTGAGCATTTAGAATCCTCTCAATCCCCAGCAAGCAGTTCTGAGAGCACAGGTGTGTGTGTAGAGTGTGGATTTGTCTGGGTATGTCTGTTGTGGGAGGGGAGGCAGGAGGGGGCTGATTCTTATCCTTGGAGACCTCTGTGGGGAGGTGACAAGGGAGGTGGGTGCTGGGGGCTGGAGAGAGAGGAGACCTTGATTGTCTCGGGTCCTTAGAGATGCGGGGAAGGGAAATGTAAGGGGTGTGTGATTGGGGTGAAGGTTTAGGGGAGGACTGCTGAGGGGTAAGGAAGGTTTGGGATAATGTGAGGAGGCCGGTTCCAGACTCTCCCTGGCATACACCCTTCGTGTAATCTCTGAAATAAAAGTGTGTGCTGTTTGTTTGTAAAAGCATTAGATTAATTTCTAGAGGAACTGAGTAGACCTCTGAGGCACTCCTGAAGCTTCTTTATATCTAAATTTCTTGCTAGTTTTTTGGGTTTTTTTAGTGTGTATATTTTTACATAGTAGAAATGACTGTGAAACTAACTTTTTGAATTAAAGTTTTAACACAGTTACTATTTTATTATAATGCTAGTTTTCTAGTAGTTACATATTATTCTTTTATATATAATAGTTATGACACAACTCACCTCACTTTCCCCTTTGTTGACCTTTATTATGACATTCACCAAAAGTTGAAAATGTATGTTTCTGGTTAATTTTTAATTTATATTTTTTATTTGTAATTGCTTTGAATTATTTTGACCTATTTATTGGCGGATTATAATTATTGCTCTAAGAATTCCCTATTGTATTTGGTAGGCAATGGACAATGATCTATGGTCTGATATCTTGAGGGCTTAGTATTTTTCTCAGTGACTTTGTGGGTTCTTTGTGCTATAAGATTATTAACACTTTATTGATATTTGATCCAGCATTTGCTTCAGTTTGTGGTTTGTATGTGGATTTTGAAAGTTCTTTTCCATGTTAAGAATTTGAACTTTTTATTTAATAAAATATATTGCAAAATTTTTATTAATGATTTACAATCCATCTTAAATCTGCCATTTTGTGGCATTGTTGTCTCCAGGTTCCTCCTTACTTCTAAAAAAAATAGTTGTATTTATTGAGAGTATGCTAGTGTTGGGGATTTTCCTGGGCATAAGCACCCCAAGTAACAAGTCCCAGACACTGCCTTAATCCAAATGTGACTCTGGAAAGAAAAATCATTTTACAATGATAGGCCTAATAATAATTATGCTTGTGTTACACGGGAGATGCATTGATCAGCTAAATGTAAATATAAGAACTTTCAAAACTAAAATGACATTCCCTAATCCTTTTCTCTGCTTCGGGACTCATGCTTTTCTAGGAACGTAAAAATTTGGAGAATCATTTCTGTCTGTCCCACATTCCCAGGGGCAGAACAATTTCTGTTTTGTTCTAAGGTGTGAGTGCATGGCAGTAGTATTCCTAAAATTCATACTCGGTTTCCTCATGTACCCAATTCTGTCCCTTTATCTATGCATATTTCTTTAAATCATATTTTTCTGTCATGGGGTACAAGGATGATAAATAGGTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGATGAGCGCCCTCACAGTGGAATGGAGTGAGAAGCTTTCTGACCTTATAAACTGAAGGCTATCTTCAGTCATTGTTTTATATATTTTACATGCATTAATCCTCATATAACCCCAAGAGGTAAATTAGTATAATTATCCTTCATTGTAGGTGACAAAGTTGAGACACAGAAGAATCAAAAAACTCTTCCAGGATCAACCAGTAAAAGGCAGACCTTGGATTCGAACCAAGCAACCTGGCTCAAATATCAGTTTTAATTACTACACTCTATACTTTCCAAGATTTGTAAACAGTTTGACAATGCATGCCAATTTAAAGCTATGAAGAAACAAACACAATTTTTCACAACACCTCTCAAATCTAATGGGTCCTCACTGTCAAGATTAAATTCCAGGCTGATGACACTGTAAGGTCACATGGCCAGCTGTGCTATAGGCCTGGTCAAGGTCAGAGCCTGGGTTTGCAGAGAAGCAGACACACAGCCAAACCAGGAGACTTACTCTGTCTTCCTGACTCATTCTCTCTACATTTGTTTTCTCCTAGTTGAGCCTAAGGTGACTGTGTATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTGGTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTTCCGGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATCCAGAATGGAGATTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCTCGGAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGACGAGCCCTCTCACAGTGGAATGGAGTGAGCAGCTTTCTGACTTCATAAATTTCTCACCCACCAAGAAGGGGACTGTGCTAATCCCTGAGTGTCAGGTTTCTCCTCTCCCACACCCTATTTTCATTTGCTCCATGTTCTCATCTCCATCAGCACAGGTCACTGGGGGTAGCCCTGTAGGTGTTTCTAGAAACACCTGTACCTCCTGGAGAAGCAGTCTCACCTGCCAGGCAGGAGAGACTGTCCCTCTTTTGAACCTCCCCATGATTTCGCAGGTCAGGGTCACCCACTCTCCCCAGGCTCCAGGCCCTGCTTCTGGGTCTGAGACTGAGTTTCTGGTGCTGTTGCTCTGAGTTATTTTTTGTGATCTGGGAAGAGGAGAAGTGTAGGGGCCTACCTGACATGAGGGGAATCCAATCTCAGCCCTGCCTTTTATTAGCTCTGTCACTCTAGACAAACTACTTAGCTTCATTGAGTCTCAGGCTTTCTGTTGATCAGATGTTGAACGCTTGCCTTACATCAAGGCTGTAATATTTGAATGAGTTTGATGTCTGAACATCGTAACTGTTCAGCGTGATTTGAAATCCTTTTTTTCTCCTGAAATGGCTAGTTATTTTAATTCTTGTGGGGCAGGCTTCTGCCCCATTTTCAAAGCTCTGAATCTTAGAGTCTCAATTAAAGAGGTTCAATTTGGAATAAGCATCACTAAACCTGGATTCCTCTCTCAGGAGCACGGTCTGAATCTGCACAGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTCGTGCTGGGCCTGCTCTTCCTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTGAGGAGCCTTTGGGAGCTGACTCTCTCCATAGGCTTTTCTGGAGGAGGAACCATGGTTTTGCTGAGAGGTTAGTTCTCAGTATACGAGTGGCCCTGAATAAAGCCTTTCTTTCCCCAAACGGCTCTAATGTCCTGCTAATCCAGAAATCATCAGTGCATGGTTACTATGTCAAAGCATAATAGCTTGTGGCCTGCAGAGACAAGAGGAAGGTTAACAAGTAGGGGTCCTTTTGTTTGAGATCCTGGAGCAAATTAAGGAAGAGCCACTAAGGCTAATGGAATTACACTGGATCCTGTGACAGACACTTCAGGCTTCATGGGTCACATGGTCTGTCTCTGCTCCTTTCTGCCCCTTTCTGCCCTGGTTGGTGCGGGTTGTGGTGTTAGAGAAATCTCAGGTGGGAGATCTGCGGCTGGGACATTGTGTTGGAGGACAGATTTGCTTCAATAACTTTTAAGTGTATTTCTTTTCCTCTTTTTCCCAGGACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCTTTTAATCCTCTTTTAGAAACAGACACAGTTTCCCTAGTGAGAGGTGAAGCCAGCTGGACTTCTGGGTGGGGTGGGGACTTGGAGAACTTTTCTTACAAGAGGTTTCTAAATGCCCCAATCAGTGCTTTGTAAAAACACACCAATAGGTTCTCTGTGGCTAGCTGGATGTTTGTAAAATGGACCAATTTGCACTCTGTAAAATGGACCAATCAGCATTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTTTTAAAATGGGCCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCTGCAGGACATGGGCAGGGACAAATACAGGAATAAAAGCTGGCCACCCCAACCAGCAGTGGCAACCCACTCAGGTCCTCTTCCCTGCTGTGGAAGTTTTGTTCTTTTGATCTTCACAATAAATCTTGCTGCTGCCTACTCTTTGGGTCCCTGCCGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCACTGTGAAGGTCTGCTTGAAGTCAGCGAGACCACAAACCCACTGGAAGGAACAAACTGCGGACACACTAGAATGATGGTAGAGGTGATAAGGCATGAGACAGAAATAATAGGAAAGACTTTGGATCCAAATTTCTGATCAGGCAATTTACACCAAAATTCCTCCTCTCCACTTAGAAAAGGGCTGTGCTCTGCGGGACTATTGGCTCAGGGGAGACTCAGGAACTTGTTTTTCTGCTTCCTGCAGTGCTCTCATCTGAGCCCTTGAAAGAGGAGAAAAGAAACTGTTAGTAGAGCCAGGTTGAAAACAACACTCTCCTCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGAGCTGAAATGCAGATGACCACATTCAAGGAAGAACCTTCTGTCCCAGCTTTGCAGGA"
aligner = Align.PairwiseAligner()
aligner.match_score = 2
aligner.mismatch_score = -3
aligner.open_gap_score = -5
aligner.extend_gap_score = -2
aligner.query_right_open_gap_score = 0
aligner.query_left_open_gap_score = 0
aligner.query_right_extend_gap_score = 0
aligner.query_left_extend_gap_score = 0
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
for a in sorted(alignments):
print(a)
这是Python3 on Windows10。Biopython版本是1.72。
编辑：这是回溯：
Traceback (most recent call last):
File "C:/foo/temp.py", line 15, in <module>
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
File "C:\Program Files (x86)\Python36\lib\site-packages\Bio\Align\__init__.py", line 1352, in align
score, paths = _aligners.PairwiseAligner.align(self, seqA, seqB)
MemoryError: Out of memory
在你的例子中，aligner.align() 调用导致 MemoryError，这可能是由于早期 Biopython 版本中的内存泄漏（因为核心代码是用 C 编写，而不是 python)。这个问题在后面的Biopython版本中已经修复，所以解决方法是将Biopython升级到最新版本（现在是1.77）。
在其他情况下，sorted(alignments) 可能是原因。您在内存中创建了一个包含所有对齐方式的列表，该列表可能非常庞大。您可以通过调用 print(len(alignments)).
提前检查此潜在列表的大小
因为 alignments 是一个 lazy 迭代器，你只需将对齐 1 乘 1 for a in alignments: 迭代，解决你的内存问题，但我仍然会不建议全部打印。也许你只想要第一个对齐 first_alignment = next(alignments) 或第一个说 10 对齐：
import itertools
for a in itertools.islice(alignments, 10):
print(a)
我正在尝试编写一个 Python3 脚本来执行两个序列的全局比对，长度约为 10 kb 和 11 kb。两者非常相似。 （我试图找到它们不匹配的几个点，我知道其中一个点接近查询序列的末尾，这就是局部比对不够充分的原因（BLASTN 只是裁剪最后 2 个碱基以获得更好的比对分数）。）
我曾希望能够为此使用 BioPython，特别是 Align.PairwiseAligner。但是，我遇到了 MemoryError。
有没有办法配置或使用 BioPython 来使用更少的内存（更多的运行时间完全没问题 - 当然在合理范围内）？或者我可以使用任何其他方法来执行 2 个序列的全局比对，而无需借助 Emboss Needle 等外部软件？
（这是一个更大软件的一部分。我已经必须同时发布 BLAST 和 BioPython。如果可以避免的话，我宁愿不必再发布另一个软件。）
这是一个 MVCE：
from Bio import Align
ref_seq = "GAAAGACCTGAAAGATCACGGTGCCTTCATTTCAACTGTGAGACATGAAGTAATTTTCCCAAATCTACAACATTAAGATATGGTGCAATAAGGACCAGATTAAAGGTCTCCTGATTTGCGGCCATGTTCCCTCCATCTCCTTTACTCCTAAACACACTCACACTCACTACTGCAAATAGTTGTCTTGTCAAGTGGGAAATGAATGCTCTTACAAGGCTCAAACTTGTGAACACATCACTGACCAGCACAGAGCTGGCTACAATAGCTCCCCAATTAAGGTGTTTTACATGCAACTGGTTCAAACCTTCCAAGTGCTAAATTAAAACAATCCTTTAAAGAAGGAAATTCTGTTTCAGAAGAGGACCTTCATACAGCATCTCTGACCAGCAACTGATGATGCTATTGAACTCAGATGCTGATTGGTTCTCCAACACGAGATTACCCAACCCAGGAGCAAGGAAATCAGTAACTTCCTCCCTATAACTTGGAATGTGGGTGGAGGGGTTCATAGTTCTCCCTGAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGGTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAGTAGTGACTATATTGTGTCTGAATTATTGACAGAATTTCTGATATTCATATGTACCAGGTTGTTTCTTAGAGTGGGAGCAGAGATGCAAGGGCTGCTAGTTCCGATGTGTAGGAGAAACTATCATTCATTTTGCATTTATCATTTTAAACGTTCTATATGTCTATCCTGGGCATGTGTTGAAGAACACAAGGAAGTATTAAATCACTCCTTCTTCTGAAGTTTGACTGGCAAAATTGGGCTAGAGTTACGAAATAAAATACAGGTTCCTAGTGAAATCTGAATTTCAGATACACAACCATAATTTATTGGAAATCCAAATTTAACTGGATATCTTCTATTATTCTCTGTTCTAGAACTCCACACTTCTAACATTTCTCATTCCTGTCTAAGCTCTTGTGTGTTTGGTTTTTGGCCATCGCTTTCACTGCTCTTTAAGCTCCCCCAGTAGAGTGGAGAGGTCTGTTTTCCCTCGTTTGGATTCCTACAGGCAGCGCAGGCCTGGCACAAGGTCATCACTAAGGAAGTGTTCACAGGGTGAAGGCGGTGGGTGCTGTTGAAGGAACCGGTAAAGCCTGTGGGATGAGAGAAGGAGCAGAGAGTGTTTTTGGGGTGGAGGCTCCCAGGAGGAGGCGGGACGGGCTGCGGTGCTGGGCGGATCCTCCTCCAGCTCCTGCTTGGAGGTCTCCAGAACAGGCTGGAGGCAGGGAGGGGGTCCCAAAAGCCTGGGGATGAGAAGGGGTTTTCCCGCATGGTCCCCCAGGCCCCCGTTCGCCTCAGGAAGACGGAGGATGAGCTCCTGGGCTGCTGGTGGTGGGCGTTGCGGGTGGGGCCGGTTAAGGTTCCCAGTGCCCGCACCCTGCCCAGGGAGCCCCGGATGGTGGCGTCGCTGTCAGTGTCTTCTCAGGAGGCTGCCCGTGTGACCGGATCCTTCGTGTCCCCACAGCACGTTTCTTGTGGCAGCTTAAGTTTGAATGTCATTTCTTCAATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTGCTGGAAAGATGCATCTATAACCAAGAGGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGGAGCTGGGGCGGCCTGATGCCGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACCTCCTGGAGCAGAGGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGTTGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTGAGCGCGGCGCGGGGCGGGGCCTGAGTCCCTGTAAGCGGAGAATCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAAAGAGAGAGAGCGCGCCATCTGTGAGCATTTAGAATCCTCTCAATCCCCAGCAAGCAGTTCTGAGAGCACAGGTGTGTGTGTAGAGTGTGGATTTGTCTGGGTATGTCTGTTGTGGGAGGGGAGGCAGGAGGGGGCTGATTCTTATCCTTGGAGACCTCTGTGGGGAGGTGACAAGGGAGGTGGGTGCTGGGGGCTGGAGAGAGAGGAGACCTTGATTGTCTCGGGTCCTTAGAGATGCGGGGAAGGGAAATGTAAGGGGTGTGTGATTGGGGTGAAGGTTTAGGGGAGGACTGCTGAGGGGTAAGGAAGGTTTGGGATAATGTGAGGAGGCCGGTTCCAGACTCTCCCTGGCATACACCCTTCGTGTAATCTCTGAAATAAAAGTGTGTGCTGTTTGTTTGTAAAAGCATTAGATTAATTTCTAGAGGAACTGAGTAGACCTCTGAGGCACTCCTGAAGCTTCTTTATATCTAAATTTCTTGCTAGTTTTTTGGGTTTTTTTAGTGTGTATATTTTTACATAGTAGAAATGACTGTGAAACTAACTTTTTGAATTAAAGTTTTAACACAGTTACTATTTTATTATAATGCTAGTTTTCTAGTAGTTACATATTATTCTTTTATATATAATAGTTATGACACAACTCACCTCACTTTCCCCTTTGTTGACCTTTATTATGACATTCACCAAAAGTTGAAAATGTATGTTTCTGGTTAATTTTTAATTTATATTTTTTATTTGTAATTGCTTTGAATTATTTTGACCTATTTATTGGCGGATTATAATTATTGCTCTAAGAATTCCCTATTGTATTTGGTAGGCAATGGACAATGATCTATGGTCTGATATCTTGAGGGCTTAGTATTTTTCTCAGTGACTTTGTGGGTTCTTTGTGCTATAAGATTATTAACACTTTATTGATATTTGATCCAGCATTTGCTTCAGTTTGTGGTTTGTATGTGGATTTTGAAAGTTCTTTTCCATGTTAAGAATTTGAACTTTTTATTTAATAAAATATATTGCAAAATTTTTATTAATGATTTACAATCCATCTTAAATCTGCCATTTTGTGGCATTGTTGTCTCCAGGTTCCTCCTTACTTCTAAAAAAAATAGTTGTATTTATTGAGAGTATGCTAGTGTTGGGGATTTTCCTGGGCATAAGCACCCCAAGTAACAAGTCCCAGACACTGCCTTAATCCAAATGTGACTCTGGAAAGAAAAATCATTTTACAATGATAGGCCTAATAATAATTATGCTTGTGTTACACGGGAGATGCATTGATCAGCTAAATGTAAATATAAGAACTTTCAAAACTAAAATGACATTCCCTAATCCTTTTCTCTGCTTCGGGACTCATGCTTTTCTAGGAACGTAAAAATTTGGAGAATCATTTCTGTCTGTCCCACATTCCCAGGGGCAGAACAATTTCTGTTTTGTTCTAAGGTGTGAGTGCATGGCAGTAGTATTCCTAAAATTCATACTCGGTTTCCTCATGTACCCAATTCTGTCCCTTTATCTATGCATATTTCTTTAAATCATATTTTTCTGTCATGGGGTACAAGGATGATAAATAGGTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGATGAGCGCCCTCACAGTGGAATGGAGTGAGAAGCTTTCTGACCTTATAAACTGAAGGCTATCTTCAGTCATTGTTTTATATATTTTACATGCATTAATCCTCATATAACCCCAAGAGGTAAATTAGTATAATTATCCTTCATTGTAGGTGACAAAGTTGAGACACAGAAGAATCAAAAAACTCTTCCAGGATCAACCAGTAAAAGGCAGACCTTGGATTCGAACCAAGCAACCTGGCTCAAATATCAGTTTTAATTACTACACTCTATACTTTCCAAGATTTGTAAACAGTTTGACAATGCATGCCAATTTAAAGCTATGAAGAAACAAACACAATTTTTCACAACACCTCTCAAATCTAATGGGTCCTCACTGTCAAGATTAAATTCCAGGCTGATGACACTGTAAGGTCACATGGCCAGCTGTGCTATAGGCCTGGTCAAGGTCAGAGCCTGGGTTTGCAGAGAAGCAGACACACAGCCAAACCAGGAGACTTACTCTGTCTTCCTGACTCATTCTCTCTACATTTGTTTTCTCCTAGTTGAGCCTAAGGTGACTGTGTATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTGGTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTTCCGGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATCCAGAATGGAGATTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCTCGGAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGACGAGCCCTCTCACAGTGGAATGGAGTGAGCAGCTTTCTGACTTCATAAATTTCTCACCCACCAAGAAGGGGACTGTGCTAATCCCTGAGTGTCAGGTTTCTCCTCTCCCACACCCTATTTTCATTTGCTCCATGTTCTCATCTCCATCAGCACAGGTCACTGGGGGTAGCCCTGTAGGTGTTTCTAGAAACACCTGTACCTCCTGGAGAAGCAGTCTCACCTGCCAGGCAGGAGAGACTGTCCCTCTTTTGAACCTCCCCATGATTTCGCAGGTCAGGGTCACCCACTCTCCCCAGGCTCCAGGCCCTGCTTCTGGGTCTGAGACTGAGTTTCTGGTGCTGTTGCTCTGAGTTATTTTTTGTGATCTGGGAAGAGGAGAAGTGTAGGGGCCTACCTGACATGAGGGGAATCCAATCTCAGCCCTGCCTTTTATTAGCTCTGTCACTCTAGACAAACTACTTAGCTTCATTGAGTCTCAGGCTTTCTGTTGATCAGATGTTGAACGCTTGCCTTACATCAAGGCTGTAATATTTGAATGAGTTTGATGTCTGAACATCGTAACTGTTCAGCGTGATTTGAAATCCTTTTTTTCTCCTGAAATGGCTAGTTATTTTAATTCTTGTGGGGCAGGCTTCTGCCCCATTTTCAAAGCTCTGAATCTTAGAGTCTCAATTAAAGAGGTTCAATTTGGAATAAGCATCACTAAACCTGGATTCCTCTCTCAGGAGCACGGTCTGAATCTGCACAGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTCGTGCTGGGCCTGCTCTTCCTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTGAGGAGCCTTTGGGAGCTGACTCTCTCCATAGGCTTTTCTGGAGGAGGAACCATGGTTTTGCTGAGAGGTTAGTTCTCAGTATACGAGTGGCCCTGAATAAAGCCTTTCTTTCCCCAAACGGCTCTAATGTCCTGCTAATCCAGAAATCATCAGTGCATGGTTACTATGTCAAAGCATAATAGCTTGTGGCCTGCAGAGACAAGAGGAAGGTTAACAAGTAGGGGTCCTTTTGTTTGAGATCCTGGAGCAAATTAAGGAAGAGCCACTAAGGCTAATGGAATTACACTGGATCCTGTGACAGACACTTCAGGCTTCATGGGTCACATGGTCTGTCTCTGCTCCTTTCTGCCCCTTTCTGCCCTGGTTGGTGCGGGTTGTGGTGTTAGAGAAATCTCAGGTGGGAGATCTGCGGCTGGGACATTGTGTTGGAGGACAGATTTGCTTCAATAACTTTTAAGTGTATTTCTTTTCCTCTTTTTCCCAGGACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCTTTTAATCCTCTTTTAGAAACAGACACAGTTTCCCTAGTGAGAGGTGAAGCCAGCTGGACTTCTGGGTGGGGTGGGGACTTGGAGAACTTTTCTTACAAGAGGTTTCTAAATGCCCCAATCAGTGCTTTGTAAAAACACACCAATAGGTTCTCTGTGGCTAGCTGGATGTTTGTAAAATGGACCAATTTGCACTCTGTAAAATGGACCAATCAGCATTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTTTTAAAATGGGCCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCTGCAGGACATGGGCAGGGACAAATACAGGAATAAAAGCTGGCCACCCCAACCAGCAGTGGCAACCCACTCAGGTCCTCTTCCCTGCTGTGGAAGTTTTGTTCTTTTGATCTTCACAATAAATCTTGCTGCTGCCTACTCTTTGGGTCCCTGCCGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCACTGTGAAGGTCTGCTTGAAGTCAGCGAGACCACAAACCCACTGGAAGGAACAAACTGCGGACACACTAGAATGATGGTAGAGGTGATAAGGCATGAGACAGAAATAATAGGAAAGACTTTGGATCCAAATTTCTGATCAGGCAATTTACACCAAAATTCCTCCTCTCCACTTAGAAAAGGGCTGTGCTCTGCGGGACTATTGGCTCAGGGGAGACTCAGGAACTTGTTTTTCTGCTTCCTGCAGTGCTCTCATCTGAGCCCTTGAAAGAGGAGAAAAGAAACTGTTAGTAGAGCCAGGTTGAAAACAACACTCTCCTCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGAGCTGAAATGCAGATGACCACATTCAAGGAAGAACCTTCTGTCCCAGCTTTGCAGAATGAAAAGCTTTCCTGCTTGGCAGTTATTCTTCCACAAGAGAGGGCTTTCTCAGGACCTGGTTGCTACTGGTTCGGCAACTGCAGAAAATGTCCTCCCTTGTGGCTTCCTCAGCTCCTGCCCTTGGCCTGAAGTCCCAGCATTGATGACAGCGCCTCATCTTCAACTTTT"
query_seq = "GAGTGAGACTTGCCTGCTAAGCTGGCCCCTGCTCCTGTCCTGTTCTCCAGCATGGTGTGTCTGAAGCTCCCTGGAGGCTCCTGCATCCTAGCGCTGACAGTGACACTGATGGTGCTGAGCTCCCCACTGGCTTTGGCTGGGGACACCCGACGTAAGTGCACATTGCGGGTGCTGAGCTACTATGGGGTGGGGAAAATAGGGAGTTTTGTTAACATTGTGCCCAGGCCATGTCCCTTAAGAAATTGTGACGTTTTCTTCAGAGATTGCCCATCTTTATCATTGGATCCCAAATTATTTCCTCCATAAAAGGAGCTTGGGTACTTGCCCTCTTCATGAGACTTGTGTAAGGGGCCTTTGCACAAGTCATTTCTTTTCAAATCTCCACCAATAAAACCTTTGCATCACATGTCCTCAGGGTCTTTAGAGGATTTAGAAATAAGGATTCTAAAATAAATTCCCCATACAGCACTTCCCTTTATTATGTTGACTTATGTCAGACAAAAGGAGGTTCTTACTGAAAATTTTGTGGGAGTCAAGGGAATTCAAAGGGTCTCTCCTAGACGATCCAGTGTTAGGTTCCCCACAGGACCTTTGGTGTTGGCCATAGTCCTCATATGTGAGGATGGACCCAGTGGCCTCCCCATTATCTCCTTTCTTTTCTTGCTGAACTCCAATGTTTATAAGGCCTGTATCCCTGTAGCGTATGTAGGTTCTCTGACAGAAGTTATACTTAGTGCTCTTCCTTTCTTGTGGGGAAAAGTCCCTGGAACTGAAGCTGAGATTGTTAGTACTTGGAGTCACCTTACAGATACAGAGCATTTATGAGGTATTCTTTGGTGCCTAAAGAACTTAAGGCATCCTCTGAAAAACTAGCCCAGGTTCGTGTTCATTATGAATCTTTTTTAACCTTTCTGTACTTGTTTCTCTTGCATCTCCTATGTGCTCTAACTAGACATGACAGAAGAGATTTAACTAATGTATAAATTATATGAAATTCTATTTTTTAAGTCAAAAATAATCAACTATCAGAAATTTAATAATGTTCAAACTATATACTCTGTGTGGGGTTACCGAGATGATGTGAACATTGTTCACGTCTCATAGGGCTGAAAGTCAATGGGCAAGTCTTGGGAACTCATTGTCTTACTGGGGTCTTGTCCTAAATTTCCTAGGTTCACCCATCATGCCCTCAGCTTTCCTTAACTAGCCATGTCTGCTTACCTCTTCCTCCAGTTTCTATTTTTCCCCAGCTATGTTGTCATCATTTCCAGAAATCTCTAAAGCTTGCACAGAACCTTAGCACTATGCGATTCATTGAAAGAGACTTTTTTTCTCTTTTTGAGGTAGGGCCTGGCTCTGTCACCCAGTCTATAGCTCAGTGGTGTGATCGAGGCTCACTGCAACCTCTGCCACCCATGCTCAAGTGATCCTCCCTCCTCAGGCTCCAGAGTAGCTGGGAATACAGGCAGGCAACCACGCCCAGCTAATTTTTGTAATTTTGGTAGACATGAGATTTTGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTAAACTGCTGGTTTCAAGCAATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAACATGCTAGGATTATAGATGTGAGCCACTGTGCCCAGGCAAAAAGAAATGACTCTTAATAAAAAAATTTCCTTTTTCTTAAATCACTGTTTCTTTATCTGTGAATTCTTCTTCCAACTAGAAGGAGGAGAAAAAAGAAGTTTGCCTGTATTTCTCACCAGGAGGAGAAGGGGTCTAGTGTGACATTAAAATGAAAGGGTGCTGGAGCTTGAGCCCCTTCTTGCTTTCCAGGATCCCTACAGTGATCAGTTCCCATACCCTGGTTTATTCATGTAAACCACACTTATTTTTCTCAGCAGCTACTCTTTACTGGGCTCCATTCTAGGTTCAAATCATTCTATTTGATTAAGTTAGAGAGCGTCCCTACTCTCATGGAAGTTACACAAGAGTAGAGGAGACAGACACTAACCCAATAAGCATTTAACAAAGAAGATAATGTTAGAGAGTCATAGTGCACTGAAGAAAAGACATCAGGTTTGTGAAAAAGAGAGACATGGATTCACCTACTTTAGTTCATATGTTAGGGAGCTCCACCTGAGAAAGTGACATTCAGCTGAGACAACAAAATAAGTAGACAGTCGTGAAGATCTAAGGGATGAAAGTTCCAGGGAGACCAAATGGCGGGAAAGCCCTGGTGTGGGAAACTATGTGGAGGGAGAGAAAGAAAGCTAGAGGGGCTGAAGTATAGAAAGCAACGAAATGGAGAGGCAGAAGATGAGGTAGGACACAGAGAGGAAGTCAGGAGCCTCATCATTATAGGCTCTGATGTCCACGGTAAAAAAAATTTGAATTTTATTATTTATTTACCTATTTATTTGTTTATTTATTTTATTTTATTTTGTGATGGAGTCTCTCTCTGTTGCCCAGGCTAGATGGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTAGCTGGGGCCACAGGTGCATGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGGGATAGGATTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTATATTCAATTTTTAAAACTAATTCTAGCTACTCTGTGGGGATTGGATTGTTGGGGTTCACCAGTGGTTAGGAAGACTATTTAGGAGCACAGCAGGGAATTCTCCAGGGAAAACAAGCTTGTGGCTTCATGGAGTGCATTAGTGATAAAGACGGTGAAGAAGATAAAGTGGACAGACTCGGCATGTATTTTTGCTTAGCTTGTTAATGAATTACTGTAAAGGGGGTAGAGCTTATTCCTAAGGATTTTCTTTTGACAAATAAGTGGGTGGTAGTGTTGTTTATTGAGATAGGAAAAACTATGGGAGGAAATGATTTGAAGTGGGTGGTTTGAAATAAAAGTTTTGTTTAAATATGAGATGATTGACTGACATTTATGTGGAGCAATCAGAAGGTCAATGGCATTTAAGAGACTCATGGTGAGGCTAGGGCTTCAGGTATTTATGTTGGAGGCATCAATACGTGTAGTGTGTTAAATTCCAGGGAGTGGAAGAGGATACATAGGGAGATGGATTGTGTGGAGAAACAAGAAGAGGGCACAGGCCAGCAAAGGGGGCTGAGAAAGAGCCCAGGGATGTTGGAGAAAAACCAAGAGAACATCATGTATGTAAGTCAAGGAAAACAGATTTTTTTCAAGGAGAAGGGAGAGGCCAATTGTGGTGAGTACCACTAAGAGGAGGGGGAAGTGAGAATATGACAGAGAAGCAAGTGCTGGGATTGGTGGAGTTGATATTTGCAGTCAATGGAGTATCCAGGGAGGAAACTGGATTGGACCATTTGGAGAGCAAATAAAAGTGAGGACGAGGTTAAGGTTGACTGTTCTGTGTAGAGAGCTTCAGGGAAGGATTGTTCTCTGGGTTCAGGGAGCCAGCTGAACCTAAAGGAAAAGGCTAAAGAAGCTGAAGAGAAGGAGGAGGACCTGTGAACCAGAGATGCTCAGCCATTATTAGCAAGGAAATACAAGAGAGCCCCTGTGTGCAGTGGTGACTACTCATGCAAAATGTCACACAGCCAATATTTAACACAGCCAGGATTTCACACAGCCAATATTTATTAGTGACATAGAATATATTTGTTATTGCTCTAGGTCATGAGAATGGAGTGACAAAATGAATCCGGTCGCCATCAGTATATGCCACATAACATTTTGCAGTGACTGTGTGCCAGGCCTATGAATTTCAGTATTCAATTTCAATAATGATCCTGTTGTATCTGTGGTATTTAAAAACATATACATCTCTGTAATCTAAAATTGAGAGGTTATAAGTAAAACCCAGTATTACAAATTTAGTGCTGGAAATTGATTGCAGTTTAAATCTGAGCATATAGAAAGTCCCTTTCTTCTATGTCAGCAGATGCCTTTTGTGTGAGGTTTAGGTATACTGCATTATTAGACATAAACCAGTGTTTCTGCCCTATGTTTTCAGAATGACAATTCTTTATGAAACTAATAGAAGAACAGAAGACAATTGCAAAATCATGATGAAGATACTAATTGCTTTAGAATTAAGGAATACAAATAATGTGAGCTGCAGTTATAGGGATCAAAAAAGTTACAATGGGAATGTATTTGAGTGTTTATTATGTGATCAGTGCTAAGAAGTGTCATCATTTAATTTTACACTTAACAGTAATCCTGTGAGGATTATGCTATTATTAAATGCACTTGATACATTACAAAAAGGCTTATGGTTGATATAAATTGACCCAAGTAGAAGAGATCATGTTTTTATTCAGGTTTTCTGATTCTAGAGTTTGAGAGTTTGACCATCATTAGTGAGTAGTGACTATATTGTGTCTGAATTATTGACAGAATTTCTGATATTCATATGTACCAGGTTGTTTCTTAGAGTGGGAGCAGAGATGCAAGGGCTGCTAGTTCCGATGTGTAGGAGAAACTATCATTCATTTTGCATTTATCATTTTAAACGTTCTATATGTCTATCCTGGGCATGTGTTGAAGAACACAAGGAAGTATTAAATCACTCCTTCTTCTGAAGTTTGACTGGCAAAATTGGGCTAGAGTTACGAAATAAAATACAGGTTCCTAGTGAAATCTGAATTTCAGATACACAACCATAATTTATTGGAAATCCAAATTTAACTGGATATCTTCTATTATTCTCTGTTCTAGAACTCCACACTTCTAACATTTCTCATTCCTGTCTAAGCTCTTGTGTGTTTGGTTTTTGGCCATCGCTTTCACTGCTCTTTAAGCTCCCCCAGTAGAGTGGAGAGGTCTGTTTTCCCTCGTTTGGATTCCTACAGGCAGCGCAGGCCTGGCACAAGGTCATCACTAAGGAAGTGTTCACAGGGTGAAGGCGGTGGGTGCTGTTGAAGGAACCGGTAAAGCCTGTGGGATGAGAGAAGGAGCAGAGAGTGTTTTTGGGGTGGAGGCTCCCAGGAGGAGGCGGGACGGGCTGCGGTGCTGGGCGGATCCTCCTCCAGCTCCTGCTTGGAGGTCTCCAGAACAGGCTGGAGGCAGGGAGGGGGTCCCAAAAGCCTGGGGATGAGAAGGGGTTTTCCCGCATGGTCCCCCAGGCCCCCGTTCGCCTCAGGAAGACGGAGGATGAGCTCCTGGGCTGCTGGTGGTGGGCGTTGCGGGTGGGGCCGGTTAAGGTTCCCAGTGCCCGCACCCTGCCCAGGGAGCCCCGGATGGTGGCGTCGCTGTCAGTGTCTTCTCAGGAGGCTGCCCGTGTGACCGGATCCTTCGTGTCCCCACAGCACGTTTCTTGTGGCAGCTTAAGTTTGAATGTCATTTCTTCAATGGGACGGAGCGGGTGCGGTTGCTGGAAAGATGCATCTATAACCAAGAGGAGTCCGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTACCGGGCGGTGACGGAGCTGGGGCGGCCTGATGCCGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACCTCCTGGAGCAGAGGCGGGCCGCGGTGGACACCTACTGCAGACACAACTACGGGGTTGGTGAGAGCTTCACAGTGCAGCGGCGAGGTGAGCGCGGCGCGGGGCGGGGCCTGAGTCCCTGTAAGCGGAGAATCTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAAAGAGAGAGAGCGCGCCATCTGTGAGCATTTAGAATCCTCTCAATCCCCAGCAAGCAGTTCTGAGAGCACAGGTGTGTGTGTAGAGTGTGGATTTGTCTGGGTATGTCTGTTGTGGGAGGGGAGGCAGGAGGGGGCTGATTCTTATCCTTGGAGACCTCTGTGGGGAGGTGACAAGGGAGGTGGGTGCTGGGGGCTGGAGAGAGAGGAGACCTTGATTGTCTCGGGTCCTTAGAGATGCGGGGAAGGGAAATGTAAGGGGTGTGTGATTGGGGTGAAGGTTTAGGGGAGGACTGCTGAGGGGTAAGGAAGGTTTGGGATAATGTGAGGAGGCCGGTTCCAGACTCTCCCTGGCATACACCCTTCGTGTAATCTCTGAAATAAAAGTGTGTGCTGTTTGTTTGTAAAAGCATTAGATTAATTTCTAGAGGAACTGAGTAGACCTCTGAGGCACTCCTGAAGCTTCTTTATATCTAAATTTCTTGCTAGTTTTTTGGGTTTTTTTAGTGTGTATATTTTTACATAGTAGAAATGACTGTGAAACTAACTTTTTGAATTAAAGTTTTAACACAGTTACTATTTTATTATAATGCTAGTTTTCTAGTAGTTACATATTATTCTTTTATATATAATAGTTATGACACAACTCACCTCACTTTCCCCTTTGTTGACCTTTATTATGACATTCACCAAAAGTTGAAAATGTATGTTTCTGGTTAATTTTTAATTTATATTTTTTATTTGTAATTGCTTTGAATTATTTTGACCTATTTATTGGCGGATTATAATTATTGCTCTAAGAATTCCCTATTGTATTTGGTAGGCAATGGACAATGATCTATGGTCTGATATCTTGAGGGCTTAGTATTTTTCTCAGTGACTTTGTGGGTTCTTTGTGCTATAAGATTATTAACACTTTATTGATATTTGATCCAGCATTTGCTTCAGTTTGTGGTTTGTATGTGGATTTTGAAAGTTCTTTTCCATGTTAAGAATTTGAACTTTTTATTTAATAAAATATATTGCAAAATTTTTATTAATGATTTACAATCCATCTTAAATCTGCCATTTTGTGGCATTGTTGTCTCCAGGTTCCTCCTTACTTCTAAAAAAAATAGTTGTATTTATTGAGAGTATGCTAGTGTTGGGGATTTTCCTGGGCATAAGCACCCCAAGTAACAAGTCCCAGACACTGCCTTAATCCAAATGTGACTCTGGAAAGAAAAATCATTTTACAATGATAGGCCTAATAATAATTATGCTTGTGTTACACGGGAGATGCATTGATCAGCTAAATGTAAATATAAGAACTTTCAAAACTAAAATGACATTCCCTAATCCTTTTCTCTGCTTCGGGACTCATGCTTTTCTAGGAACGTAAAAATTTGGAGAATCATTTCTGTCTGTCCCACATTCCCAGGGGCAGAACAATTTCTGTTTTGTTCTAAGGTGTGAGTGCATGGCAGTAGTATTCCTAAAATTCATACTCGGTTTCCTCATGTACCCAATTCTGTCCCTTTATCTATGCATATTTCTTTAAATCATATTTTTCTGTCATGGGGTACAAGGATGATAAATAGGTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGATGAGCGCCCTCACAGTGGAATGGAGTGAGAAGCTTTCTGACCTTATAAACTGAAGGCTATCTTCAGTCATTGTTTTATATATTTTACATGCATTAATCCTCATATAACCCCAAGAGGTAAATTAGTATAATTATCCTTCATTGTAGGTGACAAAGTTGAGACACAGAAGAATCAAAAAACTCTTCCAGGATCAACCAGTAAAAGGCAGACCTTGGATTCGAACCAAGCAACCTGGCTCAAATATCAGTTTTAATTACTACACTCTATACTTTCCAAGATTTGTAAACAGTTTGACAATGCATGCCAATTTAAAGCTATGAAGAAACAAACACAATTTTTCACAACACCTCTCAAATCTAATGGGTCCTCACTGTCAAGATTAAATTCCAGGCTGATGACACTGTAAGGTCACATGGCCAGCTGTGCTATAGGCCTGGTCAAGGTCAGAGCCTGGGTTTGCAGAGAAGCAGACACACAGCCAAACCAGGAGACTTACTCTGTCTTCCTGACTCATTCTCTCTACATTTGTTTTCTCCTAGTTGAGCCTAAGGTGACTGTGTATCCTTCAAAGACCCAGCCCCTGCAGCACCACAACCTCCTGGTCTGCTCTGTGAGTGGTTTCTATCCAGGCAGCATTGAAGTCAGGTGGTTCCGGAACGGCCAGGAAGAGAAGGCTGGGGTGGTGTCCACAGGCCTGATCCAGAATGGAGATTGGACCTTCCAGACCCTGGTGATGCTGGAAACAGTTCCTCGGAGTGGAGAGGTTTACACCTGCCAAGTGGAGCACCCAAGTGTGACGAGCCCTCTCACAGTGGAATGGAGTGAGCAGCTTTCTGACTTCATAAATTTCTCACCCACCAAGAAGGGGACTGTGCTAATCCCTGAGTGTCAGGTTTCTCCTCTCCCACACCCTATTTTCATTTGCTCCATGTTCTCATCTCCATCAGCACAGGTCACTGGGGGTAGCCCTGTAGGTGTTTCTAGAAACACCTGTACCTCCTGGAGAAGCAGTCTCACCTGCCAGGCAGGAGAGACTGTCCCTCTTTTGAACCTCCCCATGATTTCGCAGGTCAGGGTCACCCACTCTCCCCAGGCTCCAGGCCCTGCTTCTGGGTCTGAGACTGAGTTTCTGGTGCTGTTGCTCTGAGTTATTTTTTGTGATCTGGGAAGAGGAGAAGTGTAGGGGCCTACCTGACATGAGGGGAATCCAATCTCAGCCCTGCCTTTTATTAGCTCTGTCACTCTAGACAAACTACTTAGCTTCATTGAGTCTCAGGCTTTCTGTTGATCAGATGTTGAACGCTTGCCTTACATCAAGGCTGTAATATTTGAATGAGTTTGATGTCTGAACATCGTAACTGTTCAGCGTGATTTGAAATCCTTTTTTTCTCCTGAAATGGCTAGTTATTTTAATTCTTGTGGGGCAGGCTTCTGCCCCATTTTCAAAGCTCTGAATCTTAGAGTCTCAATTAAAGAGGTTCAATTTGGAATAAGCATCACTAAACCTGGATTCCTCTCTCAGGAGCACGGTCTGAATCTGCACAGAGCAAGATGCTGAGTGGAGTCGGGGGCTTCGTGCTGGGCCTGCTCTTCCTTGGGGCCGGGCTGTTCATCTACTTCAGGAATCAGAAAGGTGAGGAGCCTTTGGGAGCTGACTCTCTCCATAGGCTTTTCTGGAGGAGGAACCATGGTTTTGCTGAGAGGTTAGTTCTCAGTATACGAGTGGCCCTGAATAAAGCCTTTCTTTCCCCAAACGGCTCTAATGTCCTGCTAATCCAGAAATCATCAGTGCATGGTTACTATGTCAAAGCATAATAGCTTGTGGCCTGCAGAGACAAGAGGAAGGTTAACAAGTAGGGGTCCTTTTGTTTGAGATCCTGGAGCAAATTAAGGAAGAGCCACTAAGGCTAATGGAATTACACTGGATCCTGTGACAGACACTTCAGGCTTCATGGGTCACATGGTCTGTCTCTGCTCCTTTCTGCCCCTTTCTGCCCTGGTTGGTGCGGGTTGTGGTGTTAGAGAAATCTCAGGTGGGAGATCTGCGGCTGGGACATTGTGTTGGAGGACAGATTTGCTTCAATAACTTTTAAGTGTATTTCTTTTCCTCTTTTTCCCAGGACACTCTGGACTTCAGCCAACAGGTAATACCTTTTAATCCTCTTTTAGAAACAGACACAGTTTCCCTAGTGAGAGGTGAAGCCAGCTGGACTTCTGGGTGGGGTGGGGACTTGGAGAACTTTTCTTACAAGAGGTTTCTAAATGCCCCAATCAGTGCTTTGTAAAAACACACCAATAGGTTCTCTGTGGCTAGCTGGATGTTTGTAAAATGGACCAATTTGCACTCTGTAAAATGGACCAATCAGCATTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTTTTAAAATGGGCCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCAGCACTCTTTAAAATGGACCAATCTGCAGGACATGGGCAGGGACAAATACAGGAATAAAAGCTGGCCACCCCAACCAGCAGTGGCAACCCACTCAGGTCCTCTTCCCTGCTGTGGAAGTTTTGTTCTTTTGATCTTCACAATAAATCTTGCTGCTGCCTACTCTTTGGGTCCCTGCCGCCTTTAAGAGCTGTAACACTCACTGTGAAGGTCTGCTTGAAGTCAGCGAGACCACAAACCCACTGGAAGGAACAAACTGCGGACACACTAGAATGATGGTAGAGGTGATAAGGCATGAGACAGAAATAATAGGAAAGACTTTGGATCCAAATTTCTGATCAGGCAATTTACACCAAAATTCCTCCTCTCCACTTAGAAAAGGGCTGTGCTCTGCGGGACTATTGGCTCAGGGGAGACTCAGGAACTTGTTTTTCTGCTTCCTGCAGTGCTCTCATCTGAGCCCTTGAAAGAGGAGAAAAGAAACTGTTAGTAGAGCCAGGTTGAAAACAACACTCTCCTCTGTCTTTTGCAGGATTCCTGAGCTGAAATGCAGATGACCACATTCAAGGAAGAACCTTCTGTCCCAGCTTTGCAGGA"
aligner = Align.PairwiseAligner()
aligner.match_score = 2
aligner.mismatch_score = -3
aligner.open_gap_score = -5
aligner.extend_gap_score = -2
aligner.query_right_open_gap_score = 0
aligner.query_left_open_gap_score = 0
aligner.query_right_extend_gap_score = 0
aligner.query_left_extend_gap_score = 0
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
for a in sorted(alignments):
print(a)
这是Python3 on Windows10。Biopython版本是1.72。
编辑：这是回溯：
Traceback (most recent call last):
File "C:/foo/temp.py", line 15, in <module>
alignments = aligner.align(ref_seq, query_seq) # <= this is where the MemoryError occurs
File "C:\Program Files (x86)\Python36\lib\site-packages\Bio\Align\__init__.py", line 1352, in align
score, paths = _aligners.PairwiseAligner.align(self, seqA, seqB)
MemoryError: Out of memory
在你的例子中，aligner.align() 调用导致 MemoryError，这可能是由于早期 Biopython 版本中的内存泄漏（因为核心代码是用 C 编写，而不是 python)。这个问题在后面的Biopython版本中已经修复，所以解决方法是将Biopython升级到最新版本（现在是1.77）。
在其他情况下，sorted(alignments) 可能是原因。您在内存中创建了一个包含所有对齐方式的列表，该列表可能非常庞大。您可以通过调用 print(len(alignments)).
因为 alignments 是一个 lazy 迭代器，你只需将对齐 1 乘 1 for a in alignments: 迭代，解决你的内存问题，但我仍然会不建议全部打印。也许你只想要第一个对齐 first_alignment = next(alignments) 或第一个说 10 对齐：
import itertools
for a in itertools.islice(alignments, 10):
print(a)