使用循环将目录中的 .txt 文件转换为 .CSV 文件

Question

这里有新鲜的生菜，别笑我的问题：

假设我有一个包含 40 个单独的 .txt 文件的文件夹，我想将它们转换为 .csv 格式。要获得最终产品：一个包含 40 个单独的 .csv 文件的新文件夹。

我看到过类似的问题和他们的代码，但是代码确实运行但是 .csv 文件与原始的 .txt 文件完全不同：所有数据都被打乱了。

因为我想保留header，而且我想读取.txt文件中的所有data/rows。我对代码进行了一些外观更改，但仍然没有运行并返回警告 "Error in file(file, "rt") ：无法打开连接另外：警告信息：在文件（文件，"rt"）中：无法打开文件 'C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls in the training patients ctrl_S1018263__3S_TNFaCHx_333nM+0-1ugml_none.txt'：参数无效

我的代码如下：

directory <- "C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls in the training patients"
ndirectory <- "C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls in the training patients/CSV"
file_name <- list.files(directory, pattern = ".txt")
files.to.read <- paste(directory, file_name, sep="\t") 
files.to.write <- paste(ndirectory, paste0(sub(".txt","", file_name),".csv"), sep=",")
for (i in 1:length(files.to.read)) {
  temp <- (read.csv(files.to.read[i], sep="\t", header = T))
  write.csv(temp, file = files.to.write[i])
}

Answer 1

当您在第 4 行和第 5 行粘贴带有文件名的路径时，使用 /，以字符串形式获取新路径。 sep 值是函数将多个字符串粘贴在一起时将放置的值。

> paste('hello','world',sep=" ")
[1] "hello world"

> paste('hello','world',sep="_")
[1] "hello_world"

这与您在 read.csv 中需要的 sep 值不同，它定义了 csv 文件每列之间的字符。

使用循环将目录中的 .txt 文件转换为 .CSV 文件

Convert .txt files into .CSV files in a directory using a loop

r

csv

preprocessor

file-format