缺少树的依赖项

Question

我目前正在为 Python 使用 Spyder，当我打开程序时出现以下错误消息：错误：您缺少依赖项！

rtree>=0.8.3：None（挪威克朗）

请安装它们以避免出现此消息。

注意：Spyder 可以在没有这些依赖项的情况下工作，但是为了获得流畅的体验，我们强烈建议。

我试过 pip install rtree 并得到：

Collecting rtree
  Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/11/1d/42d6904a436076df813d1df632575529991005b33aa82f169f01750e39e4/Rtree-0.9.3.tar.gz (520kB)
     |████████████████████████████████| 522kB 467kB/s
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: 'C:\Users\gitte\Anaconda3\python.exe' -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\Users\gitte\AppData\Local\Temp\pip-install-kmbt5h2t\rtree\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\Users\gitte\AppData\Local\Temp\pip-install-kmbt5h2t\rtree\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' egg_info --egg-base pip-egg-info
         cwd: C:\Users\gitte\AppData\Local\Temp\pip-install-kmbt5h2t\rtree\
    Complete output (11 lines):
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "C:\Users\gitte\AppData\Local\Temp\pip-install-kmbt5h2t\rtree\setup.py", line 3, in <module>
        import rtree
      File "C:\Users\gitte\AppData\Local\Temp\pip-install-kmbt5h2t\rtree\rtree\__init__.py", line 1, in <module>
        from .index import Rtree
      File "C:\Users\gitte\AppData\Local\Temp\pip-install-kmbt5h2t\rtree\rtree\index.py", line 6, in <module>
        from . import core
      File "C:\Users\gitte\AppData\Local\Temp\pip-install-kmbt5h2t\rtree\rtree\core.py", line 128, in <module>
        raise OSError("could not find or load %s" % lib_name)
    OSError: could not find or load spatialindex_c-64.dll
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

请指教我能做什么。到目前为止，Spyder 运行良好，我只是不想在此过程中出现问题。谢谢！

Answer 1

看起来 Rtree 需要 libspatialindex (https://libspatialindex.org)，它不会自动安装。似乎一些开发人员已经意识到这个问题并正在修复：

https://github.com/Toblerity/rtree/issues/146 https://github.com/Toblerity/rtree/issues/147

Answer 2

来到这里遇到同样的问题，我不使用 conda 并且无法使用 pipenv 安装 libspatialindex:

# macOS Mojave 10.14.5
# python 3.7.4 (via pyenv)

Error: Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /var/folders/r7/2sx1wsvx0gj5x43wkmymg61w0000gq/T/tmpn09357tzbuild/rtree/

找到 solution — 通过 Homebrew 安装 spatialindex：

brew install spatialindex

然后pipenv install rtree成功，现在geopandas工作顺利
希望对你有帮助

Answer 3

我也遇到了同样的问题。就我而言（Ubuntu2004 和 Python 3.8），当我尝试使用 conda install spyder 安装 spyder 4.2.1 时，rtree 的问题仍然存在。

然而，当我用conda list rtree检查它的安装时。它显示 version 0.9.7 已成功安装。尽管如此，我也尝试安装 rtree 包，同时包含 pip 或 conda。 None 已经解决了。

后来，我尝试了不同的安装命令（基本上是不同的conda通道），然后，这个问题就消失了。注意下面使用conda-forge渠道下载spyder。

conda create --name spy42py38 python==3.8
conda install spyder=4.2.1 -c conda-forge

Answer 4

我在用 conda --update all 更新 linux mint anaconda 后收到此消息。当安装丢失包的建议方法给出一条消息，表明所有必要的依赖项都已安装。

我使用 conda list --revisions 来列出修订，然后是 conda install --revision N，其中 N 是倒数第二个修订，在我的例子中是修订 10。这解决了问题。修订版 11 是罪魁祸首。

我注意到它包含一个新的 spyder 内核。

Answer 5

我遇到了同样的问题并尝试了此页面中显示的所有解决方案。但是失败了。

最后，我找到了解决方案...

运行基地的蟒蛇导航器
单击并激活您要修复的环境
在右边的搜索栏输入'rtree'，可以看到安装的'rtree'，版本可能是0.9.3。
在“名称”选项卡中单击 'rtree' 左侧的绿色小复选框，然后将鼠标光标放在 'mask for specific installation' 菜单上。
点击版本“0.8.3”通过 anaconda-navigator 降级。

之后，我执行了spyder，错误信息消失了。

Answer 6

如果您使用的是Anaconda，请执行以下命令：

conda install -c conda-forge rtree=0.9.3

虽然我有 rtree 版本 0.9.7，但 Spyder 无法检测到它。所以我不得不手动降级它。

Answer 7

我对 mac 使用了以下步骤。我们也可以在没有 anaconda 的情况下做到这一点：

select python 解释器（应该是/usr/local/bin/python3.9）
brew install spatialindex（应该安装 homebrew）

3.pip 安装 spyder-kernels（参考 python 文档）

Answer 8

以下命令为我解决了这个问题：

conda 更新 --all

缺少树的依赖项

Missing dependancies of rtree

python

spyder