查询 biomart 时出现内部服务器错误？

Question

当使用 biomaRt 包执行 R 命令时，我经常遇到 "Internal Server Error (HTTP 500)." 等基本命令的错误

ensembl<-useMart("ensembl")
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")

不过，这些命令偶尔会起作用。我不确定这是否是 Biomart 服务器端的问题，或者是否有可能在我这端造成的问题，比如旧包（我尝试重新安装 Biomart）。有没有人处理过类似的问题？

Answer 1

我通过将镜像参数设置为 "useast" 来规避这个问题。有效的镜像选项为 'www'、'uswest'、'useast'、'asia'。如果未指定镜像，将使用位于 www.ensembl.org 的主站点（看起来它们在主站点上过载）。

ensembl = useEnsembl(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", mirror = "useast")

Answer 2

我尝试设置镜像，但仍然出现同样的错误。我推荐以下功能：

library(dplyr)

mouse_human_genes = read.csv("http://www.informatics.jax.org/downloads/reports/HOM_MouseHumanSequence.rpt",sep="\t")

convert_mouse_to_human <- function(gene_list){
  
  output = c()
  
  for(gene in gene_list){
    class_key = (mouse_human_genes %>% filter(Symbol == gene & Common.Organism.Name=="mouse, laboratory"))[['DB.Class.Key']]
    if(!identical(class_key, integer(0)) ){
      human_genes = (mouse_human_genes %>% filter(DB.Class.Key == class_key & Common.Organism.Name=="human"))[,"Symbol"]
      for(human_gene in human_genes){
        output = append(output,human_gene)
      }
    }
  }
  
  return (output)
}

查询 biomart 时出现内部服务器错误？

Internal Server Errors when querying biomart?

r

biomart