将 MaxENT 拟合模型投影到地理 space

Question

回答了类似的问题；但是，这个问题有点不同，我无法应用该解决方案。我已经使用 site-with-data 格式安装了 maxent。问题是我无法投影拟合模型。路径 D:/maxent 中 m1 的输出看起来不错。我怀疑这两个错误（如下）与 rJava 有关，但我不知道解决方案。请在下面查看我的代码：

> m1 <- maxent(x = d, p = id, path = "D:/maxent", 
             args = c("-P", "noautofeature", "nolinear", "noquadratic", "nothreshold", 
                      "noproduct", "betamultiplier=1", "replicates=10", "crossvalidate"))

# here d is a dataframe containing 11213 rows and 20 predictor columns (with numeric values), id is a vector containing numeric values of 1 and 0 (representing species presence and absence)
Loading required namespace: rJava
> plot(m1, xlim=c(0,100))
Error in as.double(y) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'

> ras <- raster("E:/bio12.tif") # raster to project the fitted model 'm1'

> pred.m1 <- raster::predict(m1, ras)
Error in .local(object, ...) : missing layers (or wrong names)

这是光栅文件的属性

> ras
class       : RasterLayer 
dimensions  : 4292, 4936, 21185312  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : 112.8917, 154.025, -43.75833, -7.991667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : E:/Predictors_grasshoppers/selected.predictors/bio12.tif 
names       : bio12 
values      : 79, 7625  (min, max)

更新：我试过在 m1 中使用单引号，但问题仍然存在。

> m2 <- maxent(x = d, p = id, path = 'D:/PhD related/Historic climate data Australia/maxent2', 
             args = c('-P', 'noautofeature', 'nolinear', 'noquadratic', 'nothreshold', 
                      'noproduct', 'betamultiplier=1', 'replicates=10', 'crossvalidate'))

Answer 1

根据@Bappa Das 的评论，我找到了解决方案。要将 maxent 拟合模型投影到地理 space 中，应该使用包含模型拟合过程中使用的变量的栅格堆栈（而不是单个栅格）。栅格堆栈中预测变量的顺序和名称应与它们在拟合模型中的顺序和名称相同。

将 MaxENT 拟合模型投影到地理 space

Project MaxENT fitted model into geographic space

r

rjava

maxent