从 SnakeMake 中的另一个 .smk 文件获取输入函数

Question

我将我的 SnakeMake 规则存储在不同的 .smk 文件中。我有一个文件 (a.smk) 具有以下输入函数

def get_input(wildcards):
   # Some processing
   return input_list

rule some_rule_in_first_file:
   input: get_input
   # rest of the rule

现在在另一个文件中 (b.smk) 我想做如下的事情，

rule another_rule_in_second_file:
   input: get_input 
   # Rest of the rule

如何实现以上目标？

Answer 1

我认为您可以使用 include 指令。即，在您的 b.smk 中，您应该添加如下内容：

include: '/path/to/a.smk'

Get input function from another .smk file in SnakeMake