将 apply 与使用行中特定位置的匿名函数一起使用

Question

我有一个包含 10000 行和 14 个变量的数据框 (data2)：

   treat rep dist  time0   time10   N2O10    WC Temp
1   AGP   1    0 10:09:00 10:19:00 0.2270316 12 17.1
   time20     N2O20      N2O0 t0    t10       t20
1 10:31:00 0.3479662 0.2395295 0 0.1666667 0.3666667

我想进行线性回归并获取数据框中每一行的斜率，其中 x 是 t0、t10 和 t20，y 是 N2O0、N2O10 和 N2O20。就像数据框中一行的这个例子：

data3<-data2[1,]
with (data3, lm(c(N2O0,N2O10,N2O20)~c(t0,t10,t20)))

当我试图在 "apply" 中将上述函数用作匿名函数时，我收到一条错误消息。

data4<-apply(data2, 1, function(data2) lm(c(data2$N2O0,data2$N2O10,data2$N2O20)~c(data2$t0,data2$t10,data2$t20))$coefficients[2])

Error in eval(substitute(expr), data, enclos = parent.frame()) :
invalid 'envir' argument of type 'character'

我不知道这是什么意思，很高兴收到有关如何更正此行的任何建议。

Answer 1

我建议：

在开始时对感兴趣的列进行子集化。
在您的 apply 中创建一个 list。
运行 lm 在该列表上。

尝试：

apply(data2[c("N2O0","N2O10","N2O20", "t0","t10","t20")], 1, function(x) {
  temp <- as.list(x)
  lm(c(N2O0, N2O10, N2O20) ~ c(t0, t10, t20), data = temp)$coefficients[2]
})
#         1 
# 0.3059211

你运行陷入这个问题的部分原因是当你使用 apply 时，由于 "treat"、"time0"，所有值都变成了字符"time10" 和 "time20" 列。

比较：

> apply(data2, 1, function(data2) sum(data2[1]))
Error in sum(data2[1]) : invalid 'type' (character) of argument
> apply(data2[-c(1, 4, 5, 9)], 1, function(data2) sum(data2[1]))
1 
1

示例数据：

data2 <- structure(list(treat = "AGP", rep = 1L, dist = 0L, time0 = "10:09:00", 
        time10 = "10:19:00", N2O10 = 0.2270316, WC = 12L, Temp = 17.1, 
        time20 = "10:31:00", N2O20 = 0.3479662, N2O0 = 0.2395295, 
        t0 = 0L, t10 = 0.1666667, t20 = 0.3666667), .Names = c("treat", 
    "rep", "dist", "time0", "time10", "N2O10", "WC", "Temp", "time20", 
    "N2O20", "N2O0", "t0", "t10", "t20"), row.names = "1", class = "data.frame")

将 apply 与使用行中特定位置的匿名函数一起使用

using apply with an anonymous function which uses specific locations in the row

r

apply

linear-regression

dataframe