recluster.cons 函数和彩色树状图

Question

我使用 recluster 包的 'recluster.cons' 函数创建了树状图。我想知道如何按此函数产生的组为树状图的分​​支着色。

tree <- recluster.cons(sp2, p=1)$cons # sp2 is a presence-absence matrix
plot(tree, direction="downwards")

这是当前的树状图：

Answer 1

您需要定义要从聚类（如 cutree）中获得多少个聚类，然后使用 dendextend 似乎是一个更简单的选择。首先我模拟了一个可能看起来像你的数据集：

library(recluster)
set.seed(222)
testdata = lapply(1:3,function(i){
truep = runif(200)
replicate(7,rbinom(200,size=1,prob=truep))
})
testdata = t(do.call(cbind,testdata))
rownames(testdata) = paste0(rep(letters[1:3],each=7),rep(1:7,3))

我们绘制它，3 个站点集群，因为它是这样模拟的：

tree <- recluster.cons(sp2, p=1)$cons # sp2 is a presence-absence matrix
plot(tree,direction="downwards")

然后上色：

dendextend
dend <- color_branches(as.dendrogram(tree),k=3)
plot(dend)