如何在 Nextflow 管道中指定 AWK 操作？
How to specify AWK actions inside Nextflow pipeline?
awk '(<1)|| (>22) {print }' $input > $output
如果我将此行放入 Nextflow（写在 groovy(Java)）管道脚本中，它将显示一个错误，其中提到问题变量符号（这些：$1、$2）。它在 Nextflow 之外工作正常。我还能如何在此处输入变量以使其工作？
我试过了
awk '(<1)|| (>22) {print }' $input > $output
输出一个空文件。
期望的输出是它只在 Nextflow.
中工作
如果您的流程脚本部分包含在三重引号中，请使用 \:
转义您的文字 $'s
"""
awk '($1<1)|| ($1>22) {print $2}' $input > $output
"""
使用您当前的两种方法包装会导致 nextflow 查找变量 1 和 2。
https://www.nextflow.io/docs/latest/script.html#string-interpolation
awk '(<1)|| (>22) {print }' $input > $output
如果我将此行放入 Nextflow（写在 groovy(Java)）管道脚本中，它将显示一个错误，其中提到问题变量符号（这些：$1、$2）。它在 Nextflow 之外工作正常。我还能如何在此处输入变量以使其工作？
我试过了
awk '(<1)|| (>22) {print }' $input > $output
输出一个空文件。 期望的输出是它只在 Nextflow.
中工作如果您的流程脚本部分包含在三重引号中，请使用 \:
转义您的文字 $'s"""
awk '($1<1)|| ($1>22) {print $2}' $input > $output
"""
使用您当前的两种方法包装会导致 nextflow 查找变量 1 和 2。
https://www.nextflow.io/docs/latest/script.html#string-interpolation