基于数据框和向量之间的部分匹配过滤行

Question

我有一个数据框，我想根据第一列中的名称与向量中的名称的部分匹配来过滤它。

nam <- c('mmu_mir-1-3p','mmu_mir-1-5p','mmu-mir-3-5p','mir-4','mmu-mir-6-3p') #factor
aa <- c('12854','36','5489','54485','2563') #numeric
df <- data.frame(nam,aa)

vector <- c('mir-1','mir-3','mir-6')

我需要在新数据框中有一些行，其中 df$nam 中的名称与 vector 中的名称部分匹配。所以 new_df 应该是这样的。

new_nam <- c('mmu_mir-1-3p','mmu_mir-1-5p','mmu-mir-3-5p','mmu-mir-6-3p')  #factor
new_aa <- c('12854','36','5489','2563')  #numeric
new_df <- data.frame(new_nam,new_aa)

Answer 1

我们可以 paste 将 'vector' 的元素合并为由 | 折叠的单个字符串，并在 grepl 或 str_detect 到 [=16] 中使用它=] 行数

library(dplyr)
library(stringr)
df %>% 
   filter(str_detect(nam, str_c(vector, collapse="|")))
#           nam    aa
#1 mmu_mir-1-3p 12854
#2 mmu_mir-1-5p    36
#3 mmu-mir-3-5p  5489
#4 mmu-mir-6-3p  2563

在base R中，这可以通过subset/grepl

来完成

subset(df, grepl(paste(vector, collapse= "|"), nam))

基于数据框和向量之间的部分匹配过滤行

Filtering rows based on partial matching between a data frame and a vector

r

filter

match

partial

dataframe