将 IRanges 列表作为 data.frame 中的列

Question

我有一些数据结构如下：

x01 <- c("94633X94644Y95423X96130", "124240X124494Y124571X124714", "135654X135660Y136226X136786")

我最终通过如下所示的一些步骤将其用作 IRanges 对象：

x02 <- sapply(x01,
              function(x) do.call(rbind,
                                  strsplit(strsplit(x,
                                                    split = "Y",
                                                    fixed = TRUE)[[1]],
                                           split = "X",
                                           fixed = TRUE)),
              simplify = FALSE,
              USE.NAMES = FALSE)

x03 <- sapply(x02,
              function(x) IRanges(start = as.integer(x[, 1L]),
                                  end = as.integer(x[, 2L])),
              simplify = FALSE,
              USE.NAMES = FALSE)

> x03
[[1]]
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
          start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
  [1]     94633     94644        12
  [2]     95423     96130       708

[[2]]
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
          start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
  [1]    124240    124494       255
  [2]    124571    124714       144

[[3]]
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
          start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
  [1]    135654    135660         7
  [2]    136226    136786       561

现在我希望能够将 x03 作为一个列存储在 data.frame 中，其中包含一些简单的相关信息：

> x04 <- data.frame("col1" = 1:3,
                    "col2" = x01,
                    "col3" = x03)

这毫不奇怪地告诉我我有不同的行数，但是，我觉得我已经看到 JSON 导入到 R 中模仿我想要的那种结构，其中一个参差不齐的列表位于列中一个 data.frame。这是可行的操作吗？

Answer 1

这是一个很好的问题，我之前在其他数据框上看到过它 objects，但我认为上面的方法不起作用，因为只要有一个 as.data.frame 就可以使用到矩阵或 IRanges 上，它会弄乱尺寸而不是嵌入它（我可能完全错了）。

一种选择是使用小标题：

x04 = tibble::tibble(x01=x01,x02=x02,x03=x03)
# A tibble: 3 x 3
  a                           b                 c        
  <chr>                       <list>            <list>   
1 94633X94644Y95423X96130     <chr[,2] [2 x 2]> <IRanges>
2 124240X124494Y124571X124714 <chr[,2] [2 x 2]> <IRanges>
3 135654X135660Y136226X136786 <chr[,2] [2 x 2]> <IRanges>

x04$x03
[[1]]
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
          start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
  [1]     94633     94644        12
  [2]     95423     96130       708

[[2]]
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
          start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
  [1]    124240    124494       255
  [2]    124571    124714       144

[[3]]
IRanges object with 2 ranges and 0 metadata columns:
          start       end     width
      <integer> <integer> <integer>
  [1]    135654    135660         7
  [2]    136226    136786       561

另一个选项：

library(S4Vectors)
DataFrame(x01=x01,x02=List(x02),x03=IRangesList(x03))
                          x01                             x02
                  <character>                          <List>
1     94633X94644Y95423X96130     94633:94644,95423:96130,...
2 124240X124494Y124571X124714 124240:124494,124571:124714,...
3 135654X135660Y136226X136786 135654:135660,136226:136786,...
                          x03
                <IRangesList>
1     94633-94644,95423-96130
2 124240-124494,124571-124714
3 135654-135660,136226-136786

将 IRanges 列表作为 data.frame 中的列

Include list of IRanges as column in a data.frame

r

iranges