如何在 modelr/tidyverse 引导期间使用 tryCatch()？

Question

这个问题类似于 Using tryCatch() to catch a bootstrap loop，但我无法使用 bootstrapping 的 tidyverse 方法将这些建议应用到我的案例中。我正在尝试从复杂的混合效应模型中获取系数的置信区间估计值，但某些模型在 bootstrap 期间失败，从而停止了整个 bootstrapping 过程。我想忽略这些失败的运行（但也计算并存储它们以知道它们是什么）并继续 bootstrap。我也乐于接受将引导包与 tryCatch 一起使用的建议。使用钻石数据集的示例：

diamonds <- diamonds 
diamonds$clarity <- factor(diamonds$clarity, ordered=FALSE)
diamonds$cut <- factor(diamonds$cut, ordered=FALSE)
diamonds$color <- factor(diamonds$color, ordered=FALSE)
diamonds <- diamonds[diamonds$price <= 500,] # truncate the data set for faster processing

随机的无意义模型，但运行时没有错误：

my_mod <- glmmTMB(carat ~
     cut*x*poly(depth,3) + table + price + 
     (1|color) + (1|clarity),
     REML=TRUE,
     data = diamonds)
summary(my_mod)

我想在 'clarity' 的水平上进行替换抽样（即，通过集群，而不是观察）。

set.seed(30)
my_boot <- diamonds %>% 
modelr::bootstrap(n = 20, id = 'clarity') %>%
group_by(clarity) %>%
mutate(fit = map(strap,
               ~glmmTMB(carat ~
     cut*x*poly(depth,3) +
     table + price + 
     (1|color) + (1|clarity),
     REML=T,
     data = data.frame(.))))

 Warning message:
 In fitTMB(TMBStruc) :
 Model convergence problem; false convergence (8). See vignette('troubleshooting')

Answer 1

只需将 tryCatch 包裹在对 glmmTMB 的调用周围。并编写 error 和 warning 函数。

类型的错误信息

Timing stopped at: 0.484 0.071 0.556
Timing stopped at: 0.919 0.052 0.972
Timing stopped at: 0.542 0.04 0.583

仍会显示，但 my_boot$fit 会出现错误或警告。

set.seed(30)
my_boot <- diamonds %>% 
  modelr::bootstrap(n = 20, id = 'clarity') %>%
  group_by(clarity) %>%
  mutate(fit = map(strap,
                   ~tryCatch(glmmTMB(carat ~
                              cut*x*poly(depth,3) +
                              table + price + 
                              (1|color) + (1|clarity),
                            REML=T,
                            data = data.frame(.)),
                            error = function(e) e,
                            warning = function(w) w)))

然后您可以使用

检查结果

err <- sapply(my_boot$fit, inherits, "error")
warn <- sapply(my_boot$fit, inherits, "warning")
ok <- !(err | warn)

并使用这些向量对列表进行子集化 my_boot。例如：

my_boot[ok]

err 和 warn 也一样。

如何在 modelr/tidyverse 引导期间使用 tryCatch()？

How to use tryCatch() during bootstrapping with modelr/tidyverse?

r

tidyverse

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