如何使用 "how" 函数进行不平衡重复设计

Question

我有一组控制和处理过的地块，这些地块是多年来采样的。我运行 prc 函数在 vegan 包中，并想执行排列测试以检查控制与处理的地块在期间是否有显着差异年。由于我的数据不平衡，我无法使用 strata 函数。我的代码看起来像：

library(vegan)
year=as.factor(c(rep(1995,8),rep(1999,8),rep(2001,8),rep(2013,4),rep(1995,4),
       rep(1999,4),rep(2001,4),rep(2013,4)))
treatment=as.factor(c(rep("control",28),rep("treated",16)))

我已经写了这个，但我确定它是错误的，因为这里缺少处理：

h1 <- how(within = Within(type = "series", mirror = F),
          blocks = year, nperm = 999
)

非常感谢任何建议。

Answer 1

在零假设下，来自 control 或 treated 组的样本是可交换的，因此您不希望它们出现在排列设计中；您真的想对它们进行排列以生成测试统计的基于排列的空分布。

排列设计表明什么不能交换。

您还没有解释为什么要在块中的样本进行串联置换；为什么几年内的样本也是时间序列？如果他们不是，你不想要这个。

如果你想排列strata，你只需要担心不平衡。虽然使用 blocks 在某些方面与 strata 相似，但 blocks 是 never 排列，所以如果你可以使用 blocks 你可以使用strata 因为您不会排列它们。

如果您想将 years 置换为样本组，那么您将需要 strata 并且您需要在 year 水平上保持平衡，而您不需要没有。

您在调用 how() 时定义的是：

按 year 对样本进行分组，因此样本将 永远不会 交换在年和
year 级别内的样本将按顺序排列，在应用循环移位排列后保持其时间顺序不变。

如果那不是你想做的，你需要用语言解释你想做什么。 "do" 我的意思是你想测试什么？ 素食主义者的模特是什么？

如何使用 "how" 函数进行不平衡重复设计

How to use the "how" function for an unbalanced repeated design

r

permutation

vegan