在 GNU Parallel 中组合替换字符串和正则表达式

Question

我有格式的文件路径列表：

/data/nicotine_sensi/bam/9-2_box_1_S23_starAligned.sortedByCoord.out.bam
/data/nicotine_sensi/bam/9-2_box_3_S101_starAligned.sortedByCoord.out.bam
/data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_1_S24_starAligned.sortedByCoord.out.bam
/data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_3_S102_starAligned.sortedByCoord.out.bam

我想输入一个 gnu 并行命令，以便预定义替换字符串和 perl 或 --plus 替换字符串同时运行，但我在 tutorials。理想情况下，{/...} 和 {%_starAligned} 将共同产生：

9-2_box_1_S23
9-2_box_3_S101
9-3_box_1_S24
9-3_box_3_S102

然而，我得到的最接近的是：

parallel --rpl '{..} s:/data/nicotine_sensi/bam/::;s:_starAligned.sortedByCoord.out.bam::' \
  echo {..} ::: $(ls $bam_dir/*.bam)

这对于其他目录来说很乱而且不太便携。

Answer 1

{/...}的定义是：

s:.*/::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::;

{%(.*)}的定义是：

s/$$//;

结合起来你可以做到：

echo /data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_1_S24_starAligned.sortedByCoord.out.bam |
  parallel --rpl '{¤([^}]+?)} s:.*/::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s/$$//;' echo {¤_starAligned}

如果您知道您将始终删除 _something 那么：

echo /data/nicotine_sensi/bam/9-3_box_1_S24_starAligned.sortedByCoord.out.bam |
  parallel --rpl '{¤} s:.*/::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s:\.[^/.]+$::; s/_[^_]+$//;' echo {¤}

如果您将经常使用它，那么将其放入个人资料中可能是个好主意。

在 GNU Parallel 中组合替换字符串和正则表达式

Combining replacement strings and regular expressions in GNU Parallel

gnu-parallel