glmnet 系数因版本而异（2.0.16 与 3.0.2）

Question

我管理着一个严重依赖 glmnet 包的内部代码库。升级到最新版本 (v3.0.2) 后，我的单元测试开始因 Cox 模型的系数而失败。 glmnet 的先前版本是 v2.0.16 (R 3.5.2)。我现在运行 R v3.6.2.

我注意到有一个新的 relax = 参数似乎在路径中使用了非正则化拟合，我想这可能会导致轻微的适合度不同，但默认值为 relax = FALSE，所以我怀疑这是问题所在。

下面是一个基于mtcars数据集的reprex，拟合2个随机选择的特征，并将两个变量重命名为time和status，以便拟合考克斯模型。正确的 reprex 比较很困难，因为它需要不同的 R 安装，但这应该允许任何人重现该问题。

library(magrittr)
library(dplyr)
library(glmnet)
dat <- mtcars %>%
    select(mpg, disp, status = vs, time = hp) %>%   # select 2 features; assign time & status
    mutate_at(1:2, ~ {
      log10(.x) %>% subtract(mean(.)) %>% divide_by(sd(.))   # center & scale
    }) %>% as.matrix()
glmnet(dat[, 1:2], dat[, 3:4], family = "cox", lambda = 0)$beta   # fit model

v3.0.2 的结果是：

#> 2 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>              s0
#> mpg   0.2293535
#> disp -1.8160387

v2.0.16 的结果是：

#> 2 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#>              s0
#> mpg   0.2154324
#> disp -1.8172714

其他人是否注意到类似的差异？我有点惊讶没有发现其他人遇到同样的问题。我是否必须更新我所有的单元测试:(

见解and/or 非常感谢解释。提前致谢。

Answer 1

评论有点太长了：

我在 Ubuntu 16.04 上重现了你的结果（使用 devtools::install_version()，见下文）。
2.0-16 到 3.0-2 跨越多个版本（以及多个内部标记的未发布版本）：NEWS file 对 coxnet 进行了多次引用（大概是内部函数调用 family="cox":
- 2.0-20:
  - Fixed a bug in internal function coxnet.deviance to do with input pred, as well as saturated loglike (missing) and weights
  - added a coxgrad function for computing the gradient
- 2.0-19: Fixed a bug in coxnet to do with ties between death set and risk set

我建议使用

devtools::install_version("glmnet",version=...,lib=<version-specific>)

安装从 2.0-16 到 3.0-2 的每个版本，每个版本都在一个单独的库中，以便于（通过 library("glmnet", lib.loc=...）加载不同的包版本并一分为二以找到特定的更改。（中间版本未发布，因此您将从 2.0-18 跳到 3.0。）

我猜测这些 coxnet 错误修复之一（有意或作为副作用）导致了更改。

如果它在可访问的 git 存储库中，您可以使用 git bisect 和本地副本来自动执行该过程（对于如此少量的更改点，这可能不值得，但它不看起来开发树不可用：有一个很好的 pkgdown website 但我没有看到任何指向版本控制系统的链接。

如果您手上有很多时间，您可以下载所有存档的 tarball 并在其中寻找更改...

glmnet 系数因版本而异（2.0.16 与 3.0.2）

glmnet coefficients differ between versions (2.0.16 vs 3.0.2)

r

machine-learning

glmnet

lasso-regression