添加一个字符串作为具有定义函数的公式

Question

我想定义一个函数，当我输入一个字符串作为协变量时，该函数会将我的字符串放在特定位置并将其转换为公式。我知道我的代码不正确，但我不知道如何编写。

我想要的是，当我键入 covars <- "+s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7)" 时，该函数会将 covars 添加到公式中，如下所示 gam.model <- gam(cvd ~ pm10 +s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7), data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T)

library(dlnm) # use chicagoNMMAPS data
library(mgcv)
# define myfun
myfun <- function(covars){
  covars <- covars
  gam.model <- gam(cvd ~ pm10 + covars, data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T)
  summary(gam.model)

}

myfun("+s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7)")

myfun 应该这样做：

gam.model <- gam(cvd ~ pm10 + covars, data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T)

Answer 1

你在找这个吗，不确定，但试试 as.formula 和 paste0:

myfunc_formula <- function(covars){
return(as.formula(paste0('cvd ~ pm10 ', covars)))
}

我们稍后可以将此输入用于 gam(myfunc_formula(covars), data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=T)、

## In case someone wants to return the summary of given gam model
myfunc_formula_v1 <- function(covars){
gam1 <- gam(as.formula(paste0('cvd ~ pm10 ', covars)), data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=TRUE)
return(summary(gam1))
}

我们还可以通过为目标变量名称等输入提供参数来使其灵活

例如另一个版本可以是：

myfunc_formula_v2 <- function(covars, target='cvd'){
   return(as.formula(paste0(target, ' ~ pm10 ', covars)))
}

输出:

> myfunc_formula(covars)
cvd ~ pm10 + s(time, bs = "cr", fx = TRUE, k = 7)

给定 covars = "+s(time,bs= 'cr',fx=TRUE,k=7)"

Answer 2

paste0 有效，但 reformulate 稍微更优雅：

myfun <- function(covars){
  form <- reformulate(c("pm10",covars), response="cvd")
  gam.model <- gam(form, data = chicagoNMMAPS , family =poisson, na.rm=TRUE)
  summary(gam.model)
}

添加一个字符串作为具有定义函数的公式

Add a string as a formula with defined function

r

formula

mgcv