无法使用 r 中的 {gtsummary} 包编织成 pdf

Question

我无法使用 gtsummary 包编织成 pdf。这是一个代表：

library(gtsummary)
reg <- lm(hp ~ cyl, mtcars)
tbl_regression(reg, intercept = TRUE)

此错误仅在我使用 intercept = TRUE 参数时发生。如果我删除 intercept 参数，我可以编织成 pdf 就好了。

尝试编织成 pdf 后出现的错误消息：

output file: reprex.knit.md

! Undefined control sequence.
<argument> ...al \expandafter \let \cmrsideswitch 
                                                  \@tempa \fi \fi 
l.129 (Intercept)
                  & -51 & -102, -0.03 & 0.050 \ 

Error: LaTeX failed to compile reprex.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See reprex.log for more info.
Execution halted

最后，我的 sessionInfo():

R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 18362)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] gtsummary_1.2.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.3       pillar_1.4.3     compiler_3.6.2   tools_3.6.2      digest_0.6.24    checkmate_2.0.0  evaluate_0.14   
 [8] lifecycle_0.1.0  tibble_2.1.3     nlme_3.1-142     gtable_0.3.0     lattice_0.20-38  pkgconfig_2.0.3  rlang_0.4.4     
[15] rstudioapi_0.11  commonmark_1.7   yaml_2.2.1       xfun_0.12        dplyr_0.8.4      stringr_1.4.0    knitr_1.28      
[22] sass_0.1.2.1     generics_0.0.2   vctrs_0.2.3      grid_3.6.2       tidyselect_1.0.0 glue_1.3.1       R6_2.4.1        
[29] rmarkdown_2.1    tidyr_1.0.2      purrr_0.3.3      ggplot2_3.2.1    magrittr_1.5     backports_1.1.5  scales_1.1.0    
[36] htmltools_0.4.0  assertthat_0.2.1 gt_0.1.0         colorspace_1.4-1 stringi_1.4.6    lazyeval_0.2.2   munsell_0.5.0   
[43] broom_0.5.4      crayon_1.3.4

Answer 1

我能够在我的机器上重现错误。 gtsummary 默认使用 gt 包打印表格。目前，gt 支持 HTML 输出，计划在未来支持 LaTeX 和 RTF。虽然您可以为 R markdown 指定 PDF 和 RTF 输出（而且它通常有效并且看起来很棒！），但该功能尚未最终确定。

您还可以使用 {huxtable} 通过 LaTeX 在 R markdown 中从 gtsummary 输出表格..

library(gtsummary)
reg <- lm(hp ~ cyl, mtcars)
tbl_regression(reg, intercept = TRUE) %>%
  as_hux_table()

希望对您有所帮助！

无法使用 r 中的 {gtsummary} 包编织成 pdf

Can't knit to pdf using the {gtsummary} package in r

latex

r

r-markdown

gtsummary