使用 MDAnalysis 从 MD 轨迹文件中提取一条链

Question

我想使用 MDAnalysis 从我的分子动力学轨迹（xtc 文件）中提取一条链。我希望它非常简单，但是发生了错误，我不确定为什么会得到它。这是代码：

import MDAnalysis as mda

u = mda.Universe('trajectory1.xtc')
protein = u.select_atoms('segid A')
protein.write('trajectory1-A.xtc')

它 returns 错误： AttributeError: AtomGroup 没有属性 segids

在 MDAnalysis 页面上，"segid" 与“.select_atoms”一起使用。是我有轨迹文件而不是经典PDB文件的问题吗？

Answer 1

据说在Universe造物中（我感觉像上帝）你必须提供拓扑结构和轨迹。据我所知，xtc 文件只包含轨迹（数字的三元组，原子的坐标），但不包含拓扑。没有拓扑结构，既没有残基也没有段。

检查您是否有一些细分：

u.atoms.segments
list(u.atoms.segments)

可能会 return 一个空集。

在这种情况下，您应该为 Universe 创建一个包含您感兴趣的网段的合适拓扑。

类似于：

import MDAnalysis as mda

u = mda.Universe('mytopology.pdb', 'trajectory1.xtc')
protein = u.select_atoms('segid A')

现在，您可以traverse/process您认为合适的任何方式的轨迹。

Answer 2

所以，我修改了代码，因为我发现使用轨迹文件需要稍微修改代码，否则它只会提取轨迹的一帧，但有了这个它会提取整个轨迹一链：

import MDAnalysis as mda

u = mda.Universe('mytopology.pdb', 'trajectory1.xtc')
protein = u.select_atoms('segid A')
with mda.Writer("traj1-Achain.xtc", protein.n_atoms) as W:
    for ts in u.trajectory:
        W.write(protein)

感谢帮助！

使用 MDAnalysis 从 MD 轨迹文件中提取一条链

Extracting one chain from MD trajectory file using MDAnalysis

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