"upgrading" 到 OSX Yosemite 之后 RStudio/R 中的 rJava 加载错误

Question

我最近 "upgraded" 从 OSX Mountain Lion 到 Yosemite 以及从 R 3.1.3 到 3.2。升级后，当我打开 R 或 RStudio 时，我立即收到一条弹出消息，说我需要安装 Java 6。此外，加载 rJava 或任何依赖于 r[=83 的包=]（例如，xlsx）导致 RStudio 崩溃（当我通过直接打开 R.app 尝试此操作时，R 也崩溃了）。

在尝试了在 Stack Overflow 和其他地方找到的一些修复程序之后（下面有更多详细信息），我现在加载 rJava 或任何依赖于 rJava 的包不再导致 R崩溃，但导致以下错误：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用 R 然后加载 rJava 或任何依赖于 rJava 的包，它似乎可以工作（或者至少我没有收到任何错误消息）。

我已经尝试了很多不同的尝试修复，其中一些尝试了几次，但不太记得我按什么顺序做了什么（没有意识到这会是一个泥潭而且不是'没有真正跟踪），但这是它的要点：

将以下内容添加到我的 .bash_profile（根据）：

export JAVA_HOME="/usr/libexec/java_home -v 1.8"
export LD_LIBRARY_PATH=$JAVA_HOME/jre/lib/server
从命令行重新配置java如下：

sudo R CMD javareconf -n
检查了 options("java.home") 并发现它被设置为 NULL。我尝试将其设置为以下内容（根据 this SO question）：

options("java.home"="/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_45.jdk/Contents/Home/jre")
安装了最新的 Java 开发工具包并从源代码重新安装了 rJava（不记得我在哪里找到的）。

在尝试所有这些时的某个时候，我能够加载 rJava 而不会导致 R 崩溃，但是却收到上面发布的错误消息。另外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但随后会弹出"RStudio quit unexpectedly"消息，表明程序在尝试关闭时崩溃了。

我最终决定安装 Java for OS X 2014-001 (Java 6)，因为我似乎运行没有选择。现在，当我打开 R 或 RStudio 时，"This software needs Java 6" 弹出消息不再出现。但是，我仍然收到上面发布的 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava' 错误消息。

在回顾我已经看过的一些帖子时，我注意到我之前错过了，建议使用以下命令行代码打开 RStudio，为 RStudio 提供正确的路径 java:

LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

这打开了一个 RStudio window，我也能够加载 rJava 和依赖它的包而不会出错。

最后，我从命令行尝试了运行 R（我以前没有做过）。事实证明，在命令行上，加载 rJava 或任何依赖于 rJava 的包都可以工作并且不会抛出任何错误。

因此，如果我使用为 RStudio 提供 java 路径的代码（如上所述）从命令行打开 RStudio，我现在可以让 rJava 工作。但是，我想找到一种方法来解决潜在的问题，无论它是什么，这样 RStudio 就可以以通常的 Mac 方式打开，而不需要命令行混乱。我还担心安装旧版本的 Java 可能会导致以后出现问题。

有没有人知道如何诊断和解决这个问题？

Answer 1

我遇到了同样的问题，并且经历了与你相同的步骤。允许通过 Finder/Spotlight 启动 RStudio 的最后一步是 link libjvm.dylib 到 /usr/local/lib:

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

添加

-f 标志以强制覆盖现有的 file/link

Answer 2

在 OSX El Capitan 10.11 上，用户没有写入 /usr/lib 的权限。因此，请改用以下命令：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 3

在这里您可以下载 El Capitan 的遗留 Java 版本 6：https://support.apple.com/kb/DL1572?viewlocale=en_US&locale=en_US 这样做之后，rJava 包对我有用。

Answer 4

您可以通过运行显式加载 libjvm.dylib，如

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 5

以下命令有效：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

之后，在 RStudio 中，通过加载 "xlsx" 包来加载 rJava。

library("xlsx")

P.S。 #1 环境：Mac OS X El Capitan 10.11.3+，RStudio 0.99.491+ 和 R 3.2.3+。（我现在也在 macOS Sierra (10.12) 和 R.3.3.1 上进行了测试。）

P.S。 #2 我发现 openxlsx 更快并且不依赖于 Java 来工作，所以我现在正在使用那个包。希望能帮到别人。

Answer 6

这里是简单的步骤：

删除 rJava 包：remove.packages(rJava)
关闭R
为您安装最新的 Java mac
打开终端并输入此命令：sudo R CMD javareconf
打开 R 并使用以下命令安装 rJava：

install.packages("rJava", dependencies=TRUE, type="source")

Answer 7

以下是 MAC 对我有用的东西：

在您的 ~/.profile 或 ~/.bashrc 中添加此行： %export JAVA_HOME=/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_102.jdk/Contents/Home

1.1 % source .profile（或% source .bashrc）
% sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
remove.packages(rJava)
remove.packages(Rweka)
从终端输入这个命令： %sudo R CMD javareconf
install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
install.packages("rJava", dependencies = TRUE, type = "source")
加载您的library("rJava", "RWeka")

祝你好运。

Answer 8

这就是我在两个 Macs 运行 Mac OS X El Capitan (10.11.6) 上正常工作的配置方式：

通过在终端 window 中发出以下命令来卸载 'rJava'：

Rscript -e 'remove.packages("rJava")'
sudo Rscript -e 'remove.packages("rJava")'

从 Oracle 下载并安装 Java 软件：https://www.java.com/en/download/mac_download.jsp

使用您喜欢的编辑器将以下行添加到 /Users/<userid>/.bashrc：

# Set JAVA_HOME so rJava package can find it
export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 1.8)/jre

关闭并重新启动任何终端、R 和 RStudio windows（以获取对 .bashrc 的更改）。

运行在终端中执行以下命令 window:

sudo ln -sf $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

运行在终端 window 中执行以下命令：

sudo Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'

Answer 9

也许是另一个不涉及文件系统的简单答案：

$ install_name_tool -add_rpath /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

（将 jdk1.8.0_131.jdk 替换为您的 JDK 路径。）

Answer 10

您应该能够使用 CRAN rJava，而无需重新编译 rJava 或通过将共享库链接到 R 框架库目录来执行任何其他步骤。

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Libraries

Answer 11

下面这一行解决了我在 rJava 包中遇到的相同问题，就像本次讨论中的其他人一样。我确信这个问题有不止一种解决方案，我真诚地感谢他们所有人的贡献，因为有时像下面这样的一行可以节省很多时间，而不是浪费时间！

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

Answer 12

在 macOS High Sierra (10.13.1) 和 Java 版本 9 上，您必须使用略有不同的 JVM 路径（请注意路径中缺少的 jre 文件夹与之前的说明相比Java 个版本）：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

您还必须通知 R 关于 JVM 的信息：

MY_R_VERSION=$(Rscript -e "cat(with(R.version, sprintf('%s.%s', major, substring(minor, 1, 1))))")
ln -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/$MY_R_VERSION/Resources/lib/

Answer 13

检查 libjvm.dylib 文件的位置。

试试这个，在我的例子中这很有效：

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

Answer 14

运行命令行中的以下内容：sudo R CMD javareconf

上面的几个解决方案都提到了这一点，但他们也建议删除并随后重新安装 rJava 包。我发现这些额外的步骤是不必要的。

Answer 15

使用最新的 Java SE 10 JDK.

在 OSX High Sierra 上进行全新安装时存在找不到图像的问题

我能够使用 rJava Github 问题页面上的修复程序解决 rJava 的路径问题：https://github.com/s-u/rJava/issues/78

R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers

Answer 16

我完成了我能找到的所有故障排除，然后安装了 jdk-11.0.1_osx-x64_bin.dmg 来自：Oracle downloads

之后一切正常。

检查运行库('rJava')时未加载的库版本，并将其与您需要安装的java版本相匹配。

Answer 17

我注意到 'rJava' 在 Rstudio 中加载时对 JDK 版本非常严格。
在我的例子中（Mac OS. 10.14.6 - Mojave）我安装了 jdk-13 并针对 jdk-11 进行了测试。
我已将我的 JDK 版本链接到一个不存在的目录，该目录被 Rstudio 假定为有效 (JDK 11):

sudo ln -sf /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.jdk/ /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk

而且令人惊讶的是，它就像一个魅力...
顺便说一句，运行 'rJava' 按照本机 R 中的先前说明没有问题。

Answer 18

您可以使用以下命令更改 R 中的引用：

sudo install_name_tool -change /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-13.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so

"upgrading" 到 OSX Yosemite 之后 RStudio/R 中的 rJava 加载错误

rJava load error in RStudio/R after "upgrading" to OSX Yosemite

java

r

rjava

rstudio

macos-high-sierra