在 Python 3.7 中更改 NIFTI 的整个图像切片

Question

我实际上是在使用 Python 处理 MRI 图像。图片格式为NIFTI格式我了解了如何在 x、y 或 z 轴上可视化切片，但现在，我想对每个切片使用 Sobel 过滤并使用这些切片创建一个新的 NIFTI 图像。

为此：

我载入主要的 .nii.gz 图片 (img = nib.load(im_path))
我用新名称再次加载主 .nii.gz 图像 "img_sobel" (img_sobel = nib.load(im_path))
为每个切片创建一个循环
Sobel 过滤切片
将此切片替换到 img_sobel ("img_sobel_data[:, :, sl] == np.hypot(sx, sy)")
循环后，将img_sobel保存为"image_XXX_Sobel"

使用 subplot，我看到 sobel 过滤在每个切片上都起作用，但 "img_sobel_data[:, :, sl] == np.hypot(sx, sy)" 行似乎不起作用，为什么？

这是 lopp 部分：

    # Name the interested data
    img_data = img.get_fdata()
    img_sobel_data = img_sobel.get_fdata()

    header = img.header
    nb_img = header.get_data_shape()
    nb_img_h = nb_img[2] #Hauteur

    for sl in range(0,nb_img_h):
            slice_h = img_data[:, :, sl]
            #Sobel
            sx = ndimage.sobel(slice_h, axis=0, mode='constant')
            sy = ndimage.sobel(slice_h, axis=1, mode='constant')
            sobel_h = np.hypot(sx, sy)

            img_sobel_data[:, :, sl] = sobel_h #Change the image slice to the sobel one
# Save Sobel:
nib.save(img_sobel,imSobel_path)

怎么了？我们不能用 Python 中的另一个图像切片替换图像切片吗？有解决这个问题的技巧吗？

谢谢！

编辑：好吧，我明白了为什么我不能那么容易做到这一点：我提取了 NIFTI 图像的切片，过滤了它们，但我没有改变 NIFTI 图像本身！！！所以我现在的问题是：如何更改从 img_sobel.get_fdata() 获取的 NIFTI 图像？

Answer 1

仅仅因为你没有保存你的img_sobel_data，仿射和header正确，如果你想保存 Nifti 图片你必须提供 header 和仿射之前保存它 img_sobel = nib.Nifti1Image(img_sobel_data, affine=img_sobel_affine, header=header) 否则您可以使用带有 cv2.imwrite 的 cv2 库将图像保存为其他格式，以将图像保存为 JPG 或 PNG 扩展名。

#======================================
# Importing Necessary Libs
#======================================
import nibabel as nib
import numpy as np 
from scipy import ndimage, misc
import matplotlib.pyplot as plt
#==============================
img  = nib.load(Nifti_img_path)
img_sobel  = nib.load(Nifti_img_sobel_path)
#==============================
if True: 
    # Name the interested data  
    img_data = img.get_fdata()
    img_sobel_data = img_sobel.get_fdata()
    img_sobel_affine = img_sobel.affine
    header = img.header
    nb_img = header.get_data_shape()
    nb_img_h = nb_img[2] #Hauteur

    for sl in range(0,nb_img_h):
            slice_h = img_data[:, :, sl]
            #Sobel
            sx = ndimage.sobel(slice_h, axis=0, mode='constant')
            sy = ndimage.sobel(slice_h, axis=1, mode='constant')
            sobel_h = np.hypot(sx, sy)

            img_sobel_data[:, :, sl] = sobel_h #Change the image slice to the sobel one
# Save Sobel:
img_sobel = nib.Nifti1Image(img_sobel_data, affine=img_sobel_affine, header=header)
nib.save(img_sobel,imSobel_path)
#==============================

在 Python 3.7 中更改 NIFTI 的整个图像切片

Change entire images slices of NIFTI in Python 3.7

python

image-processing

python-3.x

nifti

mri