读取 FASTA 文件

Question

我想将文件的以下行转换为 JSON，我想将其保存到猫鼬模式中。

>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1
GAA…..GAATG

应该是：

{“>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1”: “GAA…..GAATG”}

我尝试了几种选择，下面是一个示例，但没有成功，有什么建议吗？

const parser = require("csv-parse/lib/sync");//import parser
const fs = require("fs");//import file reader
const path = require("path");//for join paths


const sourceData = fs.readFileSync(path.join(__dirname, "Reads.txt"), "utf8");//read the file, locally stored

console.log(sourceData);//print out for checking
const documents = parser(sourceData);//parsing, it works for other situations I have tested, in a column like data

console.log(documents);//printing out

这段代码给我的输出如下：

[ [ '>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1' ],
  [ 'GAATGGAATGAAATGGATAGGAATGGAATGGAATGGAATGGATTGGAATGGATTAGAATGGATTGGAATGGAATGAAATTAATTTGATTGGAATGGAATG' ],...

类似问题：fasta file reading python

Answer 1

因为您使用的是解析器的默认配置，所以它只是输出该配置中的数组数组。如果你想接收对象，你需要先给解析器一些选项（列）。看看 doc.

使用同步解析模式时（就像您正在使用的那样），您可以提供如下选项：

const documents = parse(sourceData, {columns: true})

columns:true 将从输入 csv 的第一行推断列名。

读取 FASTA 文件

Reading an FASTA file

json

csv

fasta