R 中的风筝图

Question

我正在尝试重新创建一个显示最丰富的大型藻类物种分布的风筝图。

我的数据如下：

此处：dput(p2[1:3, 1:5])

structure(c(25.04240506, 24.95759494, 24.04113924, 25.0164557, 
24.9835443, 24.04905063, 25.00379747, 24.99620253, 24.03955696, 
25.01677215, 24.98322785, 24.01740506, 25.00474684, 24.99525316, 
24.03955696), .Dim = c(3L, 5L), .Dimnames = list(c("Sphacelaria tribuloides(O)", 
"Amphiroa rigida (R)", "Stypocaulon scoparium (O)"), c("A1", 
"A2", "A3", "B1", "B2")))

当前输出：

[![我的剧情是这样的][1]][1]

目标：

[![我的风筝图应该是这样的][2]][2]

我真的不确定我做错了什么或者如何解决它。

非常感谢您提前的帮助和指导。非常感谢。

Answer 1

注意：我更改了您的示例的值，以便获得更多变化，因为您的所有值都在 24 或 25 之间，这解释了为什么您的风筝图中几乎出现水平条。我做到了：

df[1:3,1:5] <- sample(5:25, 15, replace = TRUE)

                           A1 A2 A3 B1 B2
Sphacelaria tribuloides(O)  9 18 20  5 17
Amphiroa rigida (R)         6 18 24 18 18
Stypocaulon scoparium (O)  16 18 16 19  8

要获得风筝图，您可以简单地使用 plotrix 图中的 kiteChart 函数。

library(plotrix)
kiteChart(df)

我没有找到旋转 y 标签的方法，因为 yaxt = "n" 和 las = 1 似乎不适用于此功能。所以，我尝试找到一种使用 ggplot2.

的方法

一种可能的方法是首先调整数据框的形状，然后通过归因于它们的因子格式的级别，将 y 轴和 x 轴转换为数字格式。您还需要规范化 "value" 列：

library(dplyr)
library(tidyr)
DF <- as.data.frame(df) %>% mutate(species = rownames(df)) %>%
  pivot_longer(-species, names_to = "X_var", values_to = "values") %>%
  mutate(species = factor(species, levels = unique(species))) %>%
  mutate(X_var = factor(X_var, levels = unique(X_var))) %>%
  mutate(NewY = as.numeric(species)*2) %>%
  mutate(normval = values / max(values))  %>%
  mutate(NewX = as.numeric(X_var))  

# A tibble: 15 x 6
   species                    X_var values  NewY normval  NewX
   <fct>                      <fct>  <dbl> <dbl>   <dbl> <dbl>
 1 Sphacelaria tribuloides(O) A1         9     2   0.375     1
 2 Sphacelaria tribuloides(O) A2        18     2   0.75      2
 3 Sphacelaria tribuloides(O) A3        20     2   0.833     3
 4 Sphacelaria tribuloides(O) B1         5     2   0.208     4
 5 Sphacelaria tribuloides(O) B2        17     2   0.708     5
 6 Amphiroa rigida (R)        A1         6     4   0.25      1
 7 Amphiroa rigida (R)        A2        18     4   0.75      2
 8 Amphiroa rigida (R)        A3        24     4   1         3
 9 Amphiroa rigida (R)        B1        18     4   0.75      4
10 Amphiroa rigida (R)        B2        18     4   0.75      5
11 Stypocaulon scoparium (O)  A1        16     6   0.667     1
12 Stypocaulon scoparium (O)  A2        18     6   0.75      2
13 Stypocaulon scoparium (O)  A3        16     6   0.667     3
14 Stypocaulon scoparium (O)  B1        19     6   0.792     4
15 Stypocaulon scoparium (O)  B2         8     6   0.333     5

现在，您可以使用geom_ribbon获取您的风筝图：

library(ggplot2)
ggplot(DF, aes(x = NewX, fill = species))+
  geom_ribbon(aes(ymin = NewY-normval, ymax = NewY+normval))+
  scale_y_continuous(breaks = unique(DF$NewY), labels = levels(DF$species))+
  scale_x_continuous(breaks = unique(DF$NewX), labels = levels(DF$X_var), name = "")

是您要找的吗？

R 中的风筝图

Kite Diagram in R

diagram

r

matrix

ggplot2