Dockerized flexdashboard 应用程序不会在本地主机中运行

Question

我正在尝试创建一个 Docker 化的 Flexdashboard 应用程序。我可以在本地运行它，但不能在本地主机中。但是，我可以在同一张 docker 图像中运行闪亮的应用程序。有趣的是，本地主机中的错误消息显示 Flexdashboard 应用程序 'Not Found'，这与页面根本不存在时 ('Page Not Found').

不同

如何 Docker 化 Flexdashboard 应用程序？

MWE

dir.create("testshinydocker")
dir.create("testshinydocker/apps")
dir.create("testshinydocker/apps/kmeans")
dir.create("testshinydocker/apps/kmeansflex")

cat(readLines("https://raw.githubusercontent.com/rstudio/shiny-examples/master/050-kmeans-example/server.R"),
    file = "testshinydocker/apps/kmeans/server.R", sep = "\n")

cat(readLines("https://raw.githubusercontent.com/rstudio/shiny-examples/master/050-kmeans-example/ui.R"),
    file = "testshinydocker/apps/kmeans/ui.R", sep = "\n")

cat(
  c('FROM rocker/shiny:latest\n',

  "RUN  echo 'install.packages(c(\"flexdashboard\"), \",
  "repos='$MRAN', \",
  "dependencies=TRUE)' > /tmp/packages.R \",
  "  && Rscript /tmp/packages.R\n",

  'EXPOSE 3838\n',
  'COPY apps /srv/shiny-server/\n',
  'CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]\n'),
  file = "testshinydocker/Dockerfile",
  sep = "\n"
)

cat(readLines("https://raw.githubusercontent.com/rstudio/flexdashboard/master/examples/11_shiny-kmeans-clustering/dashboard.Rmd"),
    file = "testshinydocker/apps/kmeansflex/kmeans2.Rmd", sep = "\n")

shiny::runApp('testshinydocker/apps/kmeans')

rmarkdown::run("testshinydocker/apps/kmeansflex/kmeans2.Rmd")

Docker 代码（运行在 Powershell 中）

cd {path to testshinydocker directory}
docker build -t myapp .
docker run --rm -d -p 3838:3838 myapp

本地主机网址

http://localhost:3838/kmeans（有效）
http://localhost:3838/kmeansflex（'not found' 错误）
http://localhost:3838/dinosaurs（'Page not found' 错误）

闪亮的应用程序有效

Flexdashbord 应用程序 'Not Found'

不存在的恐龙页面'Page not Found'

Answer 1

这可能是您的图像中使用的 rmarkdown 包中存在错误的结果 (rmoarkdown v. 1.18)，并且与此相关：https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1731 and https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1714. I'm guessing http://localhost:3838/kmeansflex/kmeans2.Rmd 确实有效。

下面是测试方法。在 apps 文件夹中制作一个闪亮的应用程序，以查看正在使用哪个版本的 rmarkdown 运行。在 apps 中创建一个名为 'rmarkdown' 的文件夹。然后放下面简单的ui.R和server.R 脚本用于构建闪亮的应用程序（我们知道闪亮的应用程序会为您呈现）以确定您拥有的 rmarkdown 版本：

ui.R 脚本

fluidPage( 
  hr(),
  fluidRow(column(3, verbatimTextOutput("value")))   
)

server.r 脚本

function(input, output) {
  output$value <- renderPrint({ utils::packageVersion('rmarkdown') })
}

然后 docker build 并重新 docker run 并在浏览器中转到 http://localhost:3838/rmarkdown/。它应该带您到屏幕并显示您拥有的 rmarkdown 版本。如果是 1.18 那就是罪魁祸首。

可能的解决方案

如果 rmarkdown 安装的是 1.18 版本，一个可能的解决方案是从 github 安装 rmarkdown 在你的 Dockerfile 中，这样你就可以得到一个没有这个的更新版本错误，一切都很好。这是您的 Dockerfile 中的样子：

FROM rocker/shiny:latest

# apt-get and system utilities
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    libssl-dev \
    libsodium-dev

RUN  echo 'install.packages(c("flexdashboard", "remotes", "openssl"), \
repos='$MRAN', \
dependencies=TRUE)' > /tmp/packages.R \
  && Rscript /tmp/packages.R

RUN Rscript -e 'remotes::install_github("rstudio/rmarkdown")' 

COPY apps /srv/shiny-server/


EXPOSE 3838

CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

Dockerized flexdashboard 应用程序不会在本地主机中 运行

Dockerized flexdashboard app won't run in localhost

r

docker

shiny

flexdashboard