将数字转换为模式作为 DNA 序列：试图用 python 解决这个生物信息学问题
converting number to pattern as DNA sequence : trying to solve this bioinformatics problem with python
也就是将整数0、1、2、3分别转化为符号A、C、G、T
def NumberToSymbol(index):
SeqDict = {0:'A', 1:'C', 2:'G', 3:'T'}
str_index = str(index)
result = ""
for i in str_index:
result = result + SeqDict[int(i)]
return result
整数n除以整数m的商为Quotient(n, m)
例如，商(11, 4) = 2
def Quotient(index,4):
index = int(index/4)
return index
整数n除以整数m的余数为Remainder(n, m)
例如，余数(11, 4) = 3。
def Remainder(index, 4)
index = index%4
return index
计算Pattern = NumberToPattern(9904, 7)时，我们将9904除以4得到商2476，余数0。这个余数代表Pattern的最后一个核苷酸，即NumberToSymbol(0) = A。然后我们重复这个过程，将每个后续商除以 4，直到商为 0。核苷酸列中的符号，从底部向上读取，产生 Pattern = GCGGTAA。
def NumberToPatten(index, k):
if K==1:
return NumberToSymbol(index)
else:
prefixIndex = Quotient(index, 4)
r = Remainder(index, 4)
symbol = NumberToSymbol(r)
PrefixPattern = NumberToPatten(prefixIndex, k -1)
return str(PrefixPattern) + symbol
我有这 4 个功能一起工作：
输入：整数索引和 k。
输出：字符串 NumberToPattern(index, k)。
例如：
输入 : 45 , 4
输出：AGTC
让我先帮助您了解问题，然后告诉您一些解决此问题的方法
在python（或任何其他编程语言）中函数可以有
def fun_name(arg1, arg2): #Normal arguments
或
def fun_name(arg, arg2=4): #默认值参数，如果用户没有为 arg2 提供值，那么将分配默认值，即 4 .
def Quotient(index,4):
在您的代码中，您定义了一个名为 Quotient 的函数，其参数索引和您定义为“4”的其他参数，这是文字，变量名称不能是文字。
解决方案/修复
解决方案 1. #Preferred #Default value 参数，因此如果用户传递该值，它将采用该值，否则它将被分配默认值 4
def Quotient(index,divisor = 4):
index = int(index/divisor)
return index
解决方案 2：# 而不是使用变量
def Quotient(index,divisor):
index = int(index/divisor)
return index
解决方案 3. # 只从调用方传递 1 个变量
def Quotient(index):
index = int(index/4)
return index
针对评论中讨论的其他问题进行编辑
**使用 NumberToSymbol 函数将 0112 转换为 ACCG **
def NumberToSymbol(index): #Consider value of index is "0112" string and return will be ACCG
SeqDict = {0:'A', 1:'C', 2:'G', 3:'T'}
str_index = str(index)
result = ""
for i in str_index:
result = result + SeqDict[int(i)]
return result
注意：如果您在调用此函数时遇到问题，请尝试将值作为字符串传递，默认情况下 python 将 0112 视为八进制数，因此请尝试将其作为“0112”
发送
也就是将整数0、1、2、3分别转化为符号A、C、G、T
def NumberToSymbol(index):
SeqDict = {0:'A', 1:'C', 2:'G', 3:'T'}
str_index = str(index)
result = ""
for i in str_index:
result = result + SeqDict[int(i)]
return result
整数n除以整数m的商为Quotient(n, m)
例如，商(11, 4) = 2
def Quotient(index,4):
index = int(index/4)
return index
整数n除以整数m的余数为Remainder(n, m)
例如，余数(11, 4) = 3。
def Remainder(index, 4)
index = index%4
return index
计算Pattern = NumberToPattern(9904, 7)时，我们将9904除以4得到商2476，余数0。这个余数代表Pattern的最后一个核苷酸，即NumberToSymbol(0) = A。然后我们重复这个过程，将每个后续商除以 4，直到商为 0。核苷酸列中的符号，从底部向上读取，产生 Pattern = GCGGTAA。
def NumberToPatten(index, k):
if K==1:
return NumberToSymbol(index)
else:
prefixIndex = Quotient(index, 4)
r = Remainder(index, 4)
symbol = NumberToSymbol(r)
PrefixPattern = NumberToPatten(prefixIndex, k -1)
return str(PrefixPattern) + symbol
我有这 4 个功能一起工作： 输入：整数索引和 k。 输出：字符串 NumberToPattern(index, k)。 例如： 输入 : 45 , 4 输出：AGTC
让我先帮助您了解问题，然后告诉您一些解决此问题的方法
在python（或任何其他编程语言）中函数可以有
def fun_name(arg1, arg2): #Normal arguments
或
def fun_name(arg, arg2=4): #默认值参数，如果用户没有为 arg2 提供值，那么将分配默认值，即 4 .
def Quotient(index,4):
在您的代码中，您定义了一个名为 Quotient 的函数，其参数索引和您定义为“4”的其他参数，这是文字，变量名称不能是文字。
解决方案/修复
解决方案 1. #Preferred #Default value 参数，因此如果用户传递该值，它将采用该值，否则它将被分配默认值 4
def Quotient(index,divisor = 4):
index = int(index/divisor)
return index
解决方案 2：# 而不是使用变量
def Quotient(index,divisor):
index = int(index/divisor)
return index
解决方案 3. # 只从调用方传递 1 个变量
def Quotient(index):
index = int(index/4)
return index
针对评论中讨论的其他问题进行编辑
**使用 NumberToSymbol 函数将 0112 转换为 ACCG **
def NumberToSymbol(index): #Consider value of index is "0112" string and return will be ACCG
SeqDict = {0:'A', 1:'C', 2:'G', 3:'T'}
str_index = str(index)
result = ""
for i in str_index:
result = result + SeqDict[int(i)]
return result
注意：如果您在调用此函数时遇到问题，请尝试将值作为字符串传递，默认情况下 python 将 0112 视为八进制数，因此请尝试将其作为“0112”
发送