JAGS/BUGS 的 R 替代品

R alternatives to JAGS/BUGS

是否有 R-Package 可用于贝叶斯参数估计以替代 JAGS?我在 R 中发现了一个关于 JAGS/BUGS 替代方案的老问题,但是,最后一个 post 已经 9 岁了。那么也许 R 中有新的灵活的 gibbs 采样包?我想用它来获得具有随机效应和协变量等的新型分层隐马尔可夫模型的参数估计。我高度重视 JAGS 的灵活性,认为 JAGS 非常棒,但是,我想编写 R 函数来促进模型规范和我正在寻找可用于参数估计的软件包。

有一些选择:

  • stan,带有 rstan R 包。 Stan 看起来优化得很好,但不能做某些类型的模型(比如 binomial/poisson 混合模型),因为他不能对离散变量(或类似的东西......)进行采样。

  • 灵活

  • 如果您想要基于 C++ 的高度优化采样,您可能需要检查 Rcpp based solutions from Dirk Eddelbuettel