如何将 Nifti 图像中的 header 信息写入 csv？

Question

我是医学图像处理的新手。我正在尝试读取 Nifti 图像并将 header 信息写入 csv 文件。

import nibabel as nib
img = nib.load("xxx.hdr.gz")
hdr = img.header
print(hdr)

<class 'nibabel.nifti1.Nifti1PairHeader'> object, endian='>'
sizeof_hdr      : 348
data_type       : b''
db_name         : b''
extents         : 0
session_error   : 0
regular         : b'r'
dim_info        : 0
dim             : [  3  91 109  91   1   1   1   1]
...............

现在我该如何设法将这些信息保存到 csv 文件中？当我将数据输入 Numpy 时，它是一个 3 维 numpy，但是将此信息保存为 csv 格式的正确方法是什么。

Answer 1

目前我假设您希望所有 header 信息的样式与打印 hdr 导出到 csv 时看到的样式相同。您可以创建一个 header 列表，然后使用 csv python 模块将其导出。

import nibabel as nib
import csv

img = nib.load("xxx.hdr.gz")
hdr = img.header
print(hdr)

# Get all header data into list.
header = [(_key) for _key in nib_file.header]
headers_data = []
headers_data.append([img.header[_key] for _key in img.header])

# Write all headers from header into csv.
csv_file = open('headers.csv', mode='w')
csv_file_writer = csv.writer(csv_file, delimiter=',', quotechar='"', quoting=csv.QUOTE_MINIMAL)
csv_file_writer.writerow(header)
for header_data in headers_data:
    csv_file_writer.writerow(header_data)

csv_file.close()

如何将 Nifti 图像中的 header 信息写入 csv？

How to write the header information from a Nifti image into a csv?

python

csv

header

nifti

nibabel