如何在不使用 Depends 或 library() 的情况下使用另一个包中的 S3 方法，该包在其命名空间中使用 export 而不是 S3method

Question

我目前正在开发一个 R 包，并试图遵循 Hadley Wickham 在 http://r-pkgs.had.co.nz 提供的最佳实践指南。作为其中的一部分，我的目标是在 DESCRIPTION 文件的 Imports 部分而不是 Depends 中包含所有包依赖项，因为我同意不要不必要地改变全局环境的理念（许多 CRAN 和 Bioconductor 包不这样做） ' 似乎跟随）。

我想在我的一个包函数中使用 Bioconductor 包 rhdf5 中的函数，特别是 h5write()。我现在运行遇到的问题是它没有在其名称空间中声明其 S3 方法。它们是使用（例如）

声明的

export(h5write.default)
export(h5writeDataset.matrix)

而不是

S3method(h5write, default)
S3method(h5writeDataset, matrix)

通用 h5write 定义为：

h5write <- function(obj, file, name, ...) {
res <- UseMethod("h5write")
  invisible(res)
}

实际上，这意味着调用 rhdf5::h5write 失败，因为没有注册合适的 h5write 方法。

据我所知，有以下三种解决方案：

在 DESCRIPTION 文件中使用 Depends 而不是 Imports。
在相关函数的代码中使用library("rhdf5")或require("rhdf5")。
修改 rhdf5 的命名空间文件以使用 S3methods() 而不是 export()。

所有这些都有缺点。选项 1 意味着包被加载并附加到全局环境，即使我的包中的相关函数从未被调用。选项 2 意味着在包中使用 library，同时再次将包附加到全局环境，并且根据 Hadley Wickham 的指南也已弃用。选项 3 意味着依赖其他包作者在 Bioconductor 上更新他们的包，也意味着不再导出 S3 方法，这可能反过来破坏依赖于显式调用它们的其他包。

我错过了另一个选择吗？我查看了 Whosebug 的其他地方，发现了以下一些相关的问题 Importing S3 method from another package 和 How to export S3 method so it is available in namespace? 但没有任何内容可以直接解决我的问题。值得注意的是，与这两个中第一个的主要区别在于泛型和方法都在同一个包中，但问题是使用 export 而不是 S3method.

重现错误的示例代码（无需创建包）：

loadNamespace("rhdf5")
rdhf5::h5write(1:4, "test.h5", "test")

Error in UseMethod("h5write") : 
no applicable method for 'h5write' applied to an object of class
"c('integer', 'numeric')

或者，https://github.com/NikNakk/s3issuedemo 处有一个框架包，它提供了一个单一的函数 demonstrateIssue() 来重现错误消息。可以使用 devtools::install_github("NikNakk/s3issuedemo").

安装

Answer 1

这里的关键是除了要使用的泛型之外，还要导入特定的方法。以下是如何让它为默认方法工作。

注意：这假设test.h5文件已经存在。

#' @importFrom rhdf5 h5write.default
#' @importFrom rhdf5 h5write
#' @export
myFun <- function(){
    h5write(1:4, "test.h5", "test")
}

我也贴出了我自己的小包来演示这个here。

如何在不使用 Depends 或 library() 的情况下使用另一个包中的 S3 方法，该包在其命名空间中使用 export 而不是 S3method

How to use S3 methods from another package which uses export rather than S3method in its namespace without using Depends or library()

r

package

r-package

r-s3