使用 getline 解析文本文件并将每行的一部分分配给数组中的不同变量

Question

我正在用 C++ 编写一个程序，我想用它读取和解析 (.pdb) 文本文件中的行。这些行看起来像这样：

ATOM # CHAR 0 FLOAT1 FLOAT2 FLOAT3 1.00 0.00 CHAR

其中 # 是整数（原子编号），CHAR 是原子符号（在本例中为 O 或 Si）。 FLOATs分别是x、y、z坐标。

前三行是：

ATOM      1  O          0      0.024  8.489  10.490  1.00  0.00        O
ATOM      2  O          0     10.069  1.380  9.223   1.00  0.00        O
ATOM      3  O          0     20.066  11.249 2.652   1.00  0.00        O

到目前为止，我已经设法逐行阅读文本并使用 sscanf 扫描内容。但是，我无法将数据存储到我创建的 Atom class 数组中。这是包含在我的 header 文件中的 class 的样子：

class Atom  {
public:
        Atom()
        {};'

        int atom_num;
        char atom_sym[2];
        float atom_x, atom_y, atom_z;
};

这是我解析行的程序部分：

int main()
{
    int i;
    int Linecount = 0;

    char ign_a, ign_t, ign_o, ign_m; // I use these to store the ATOM of each line
    int ign1;  // I use this to store the 0 that appears before the coordinates of each line

    std::string filename = "textfile.pdb"
    std::ifstream file;

    file.open (filename.c_str());
    if (file.is_open())  {
        std::string line;
        while (getline(file, line))
            ++Linecount;
    }
    file.close();

    Atom atomList[Linecount];

    file.open (filename.c_str());
    if (file.is_open())  {
        std::string line;
        int atom_num;
        char atom_sym[2];
        float atom_x, atom_y, atom_z;
        for (i = 1; i < Linecount; ++i)  { // I have tried this for loop in different sections of the program but nothing seems to work
            while (getline(file, line))  {
                if (line.find("ATOM") == 0)  {
                    sscanf(line.c_str(), "%c%c%c%c %d %s %d %f %f %f", &ign_a, &ign_t, &ign_o, &ign_m,
                            &atom_num, atom_sym, &ign1, &atom_x, &atom_y, &atom_z); //

                    atomList[i].atom_num = atom_num; // This is where I attempt to store the data into the array
                    strcpy(atomList[i].atom_sym, atom_sym);
                    atomList[i].atom_x = atom_x;
                    atomList[i].atom_y = atom_y;
                    atomList[i].atom_z = atom_z;
                }

                    printf("%d %s %.3f %.3f %.3f\n", atomList[i].atom_num, atomList[i].atom_sym,
                            atomList[i].atom_x, atomList[i].atom_y, atomList[i].atom_z); // Test parsing of lines
            }
    }
    file.close();

    int j = 10;
    printf("TEST: %d %s %.3f %.3f %.3f\n", atomList[j].atom_num, atomList[j].atom_sym,
            atomList[j].atom_x, atomList[j].atom_y, atomList[j].atom_z);  // Print function to test storing into array

return 0;
}

尽管使用了 if (line.find("ATOM") == 0) 语句，但第一个打印函数似乎可以正常工作，尽管它打印了三行 "garbage" 行，我认为这是由于文本文件的 header 造成的。这是直到第三行的输出：

0 0.000 0.000 0.000
0 0.000 0.000 0.000
0 0.000 0.000 0.000
1 O 0.024 8.489 10.490
2 O 10.069 1.380 9.223
3 O 20.066 11.249 2.652

但是，第二个打印函数仅打印零值，这表明数据未正确存储到数组中。我也尝试过使用 std::cin 和 std::cout 来分配和打印数据，但这似乎没有帮助。这是第二个打印函数的输出：

TEST: 0 0.000 0.000 0.000

我的主要问题是我无法将输入文件中的数据存储到 class Atom 的数组 atomList[i] 中。我试过移动 for 循环以及直接扫描到 atomList[i] 变量等，但我被困在了这一点上。我需要更改什么才能逐行读取并将正确的信息存储到数组中？

如有任何帮助，我将不胜感激。谢谢！

Answer 1

不确定这是否会回答您的任何问题，但这里有一种方法可以做到。它不使用任何旧的 C 类型习语，如 scanf 和原始数组。

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <iomanip>
#include <vector>
#include <string>
#include <sstream>

// Overloaded extraction operator
std::istream& operator>>(std::istream& i, Atom& a)
{
    std::string temp;
    int temp2;

    if (i >> temp
          >> a.atom_num
          >> a.atom_sym
          >> temp2
          >> a.atom_x
          >> a.atom_y
          >> a.atom_z) {
        i.ignore(256, '\n'); // Discard rest
    }

    return i;
}
// Overloaded insertion operator
std::ostream& operator<<(std::ostream& o, const Atom& a)
{
    o << a.atom_num << " "
      << a.atom_sym << " "
      << std::setprecision(3) << a.atom_x << " "
      << std::setprecision(3) << a.atom_y << " "
      << std::setprecision(3) << a.atom_z;

    return o;
}

int main()
{
    std::string filename = "textfile.pdb";
    std::ifstream file(filename);

    std::vector<Atom> atomList;

    if (file) {
        std::string line;
        while (std::getline(file, line)) {
            if (line.find("ATOM") == 0) {
                std::stringstream ss(line);
                Atom temp;
                if (ss >> temp) {
                    atomList.push_back(temp);
                }
            }
        }
    }

    if (atomList.size() > 10) {
        std::cout << atomList[10] << '\n';
    }

    return 0;
}

使用 getline 解析文本文件并将每行的一部分分配给数组中的不同变量

Parsing text file using getline and assigning parts of each line to different variables in an array

c++

arrays

parsing

getline

variable-assignment