查找细胞图像中的椭圆

Question

我有组织切片的图像，我想从中分离出所有隐窝，即您可以在此图像中看到的大椭圆（经过二进制阈值处理后）：

在这里它们看起来像圆圈，但在一般情况下它们形成近似椭圆。

我尝试在 openCV 中使用 canny、findContours 或 hough_ellipse，但没有成功。

有什么想法吗？

Answer 1

我没有花太长时间完善这个答案，但它应该让你开始，然后你可以整理它。基本思路是将黄色转换为白色，将其他颜色转换为黑色：

#!/usr/bin/env python3

import numpy as np
import cv2
from scipy.ndimage.morphology import distance_transform_edt

# Load the image
im = cv2.imread('cells.png')

# Form binary image which is white where orginal is yellow and black everywhere else
B = np.zeros_like(im[...,0])
B = im == [38, 230, 253]
cv2.imwrite('tmp.png', (B*255).astype(np.uint8))

这让你：

现在，做一个 distance transform:

# Get distance transform
distance = distance_transform_edt(B)

# Normalise for contrast and save
cv2.normalize(distance, distance, 0, 255, cv2.NORM_MINMAX)
cv2.imwrite('result.png', distance.astype(np.uint8))

所以，基本上，结果图像中的点越亮，它离细胞壁和其他东西就越远。然后您可以在此处找到最大值并使用它们进行进一步检查。

查找细胞图像中的椭圆

Find ellipses in cell images

algorithm

image-processing

ellipse