使用 HDF5 库和 h5py 模块的交替错误

Question

我已经创建了一个 CNN 模型并尝试将其保存为 .h5 文件，然后加载该模型。我在 Anaconda 的虚拟环境中工作。有趣的是，我可以在虚拟环境中的 Jupyter Notebook 中毫无问题地做任何事情。但是，当我在终端中尝试运行ning 时（加载模型，然后对其进行评估），它不起作用。我有一组交替错误，这些错误在网络上有解决方案，但这些解决方案要么导致死胡同，要么导致其他错误。

第一个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "MNIST.py", line 64, in <module>
    main()
  File "MNIST.py", line 62, in main
    evaluate_model()
  File "MNIST.py", line 54, in evaluate_model
    model = models.load_model('final_model.h5')
  File "C:\Users\Josh Cruz\Documents\.conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\keras\engine\saving.py", line 492, in load_wrapper
    return load_function(*args, **kwargs)
  File "C:\Users\Josh Cruz\Documents\.conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\keras\engine\saving.py", line 582, in load_model
    if H5Dict.is_supported_type(filepath):
  File "C:\Users\Josh Cruz\Documents\.conda\envs\tensorflow\lib\site-packages\keras\utils\io_utils.py", line 209, in is_supported_type
    isinstance(path, h5py.Group) or
AttributeError: module 'h5py' has no attribute 'Group'

我还没有找到修复 Attribute Error: module 'h5py' has no attribute 'Group' 的特定修复程序，但我确实找到了 similar issues online，其解决方案建议我应该使用 conda install -c conda-forge h5py 将 h5py 更新到 2.10.0。这对我来说很有意义，因为组似乎是 2.10.0 h5py 文档的一部分。

安装后出现：

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
h5py-2.9.0                 |nompi_py36h9dfa0df_1103         909 KB  conda-forge
------------------------------------------------------------
                                       Total:         909 KB

The following NEW packages will be INSTALLED:

  h5py               conda-forge/win-64::h5py-2.9.0-nompi_py36h9dfa0df_1103

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

  certifi              pkgs/main::certifi-2019.11.28-py36_1 --> conda-forge::certifi-2019.11.28- 
py36h9f0ad1d_1

我很困惑，因为我以为我安装的是 2.10.0 版本。我还是安装了，尝试 re-run 我的程序并得到一个全新的错误：

Headers are 1.10.4, library is 1.10.5
        SUMMARY OF THE HDF5 CONFIGURATION
        =================================

General Information:
-------------------
               HDF5 Version: 1.10.5
              Configured on: 2019-03-04
              Configured by: Visual Studio 14 2015 Win64
                Host system: Windows-10.0.17763
          Uname information: Windows
                   Byte sex: little-endian
         Installation point: C:/Program Files/HDF5

为了space，我没有把整个错误都包括进去，但是整个错误可以在this question. The suggestion there is to do pip install h5py --upgrade --no-dependencies --force, but doing that leads to the same error. Another source (which I can't find right now), says there might be issues juggling both installs of pip and conda, so I run pip uninstall h5py, and the error persists. Then, using a suggestion here中找到，我运行conda install -c anaconda hdf5=1.10.4所以该库与 header 匹配。我被困在这里，因为即使我再次运行我的程序，我仍然会得到完全相同的错误。我不明白为什么，库现在不应该是 1.10.4 吗？

其他地方都提示我先卸载，再重装。如果我卸载，我会得到我记下的第一个错误。当我重新安装时，循环再次开始。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

你有没有试过运行使用 hdf5=1.10.5 conda install -c anaconda hdf5=1.10.5 而不是使用 hdf5=1.10.4?

您在 conda 环境中安装了 1.10.4 hdf5 库，Tensorflow 的某些依赖项具有较新的 hdf5 1.10.5 头文件。

尝试将您的 conda hdf5 库更新到更新的 1.10.5 或者使用命令：

set HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK=2

这应该会禁用警告但不提供正确执行的任何保证，因此最好将 hdf5 库更新为相同版本 1.10.5.

如果这还不够，请尝试此解决方法：

首先，尝试删除 h5py 2.10.0 版本的更新，将其还原为原始版本

通过以下方式将 hdf5 升级到 1.10.5 版本：

conda install -c anaconda hdf5=1.10.5

并卸载一个double（如果你安装了double h5py）通过以下方式安装h5py：

conda uninstall h5py
pip uninstall h5py

如果只有一个就卸载

最后通过

再次升级到hdf5 2.10.0版本

conda install -c conda-forge h5py

希望对您有所帮助。

使用 HDF5 库和 h5py 模块的交替错误

Alternating errors using HDF5 library and h5py module

python

hdf5

h5py

anaconda

tensorflow