无法使用 ggtree 绘制 hclust 对象

Question

我正在尝试使用 ggtree 从 hclust 对象绘制树状图，但我不断收到相同的错误消息：

Error: `data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust

我一直在广泛寻找解决方案，但找到了 none。此外，我了解到 ggtree does support hclust objects, which has confused me even more. From here:

The ggtree package supports most of the hierarchical clustering objects defined in the R community, including hclust and dendrogram as well as agnes, diana and twins that defined in the cluster package.

我从上面的link中借用了一个可重现的例子：

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

再次出现上述错误。如果我使用 rlang::last_error() 来获取一些上下文，我会得到：

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
 1. ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 3. ggplot2:::ggplot.default(...)
 5. ggplot2:::fortify.default(data, ...)

如果我使用 rlang::last_trace() 获取更多信息：

<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class hclust
Backtrace:
    x
 1. \-ggtree::ggtree(hc, linetype = "dashed")
 2.   +-ggplot2::ggplot(...)
 3.   \-ggplot2:::ggplot.default(...)
 4.     +-ggplot2::fortify(data, ...)
 5.     \-ggplot2:::fortify.default(data, ...)

但我真的能看出哪里不对...

Answer 1

我已经设法解决了我的问题。我会 post 它以防将来对其他人有帮助。

显然，我运行正在使用 ggtree 的旧版本，当我从 Bioconductor 重新安装 ggtree 时，它没有正确更新，我不确定为什么。无论如何，我试图通过在安装调用中显式设置 version 参数来重新安装它：

BiocManager::install("ggtree", version = "3.10")

然后我可以成功运行我的可重现示例：

hc <- hclust(dist(mtcars))
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

请注意，作为之前的解决方法，我设法通过 ggtree 将 hcluster 对象转换为具有 as.phylo() 函数的 phylo 对象来绘制对象ape 包：

hc <- hclust(dist(mtcars))
hc <- ape::as.phylo(hc)
p <- ggtree(hc, linetype='dashed')

无法使用 ggtree 绘制 hclust 对象

Unable to plot hclust object with ggtree

r

hclust

ggtree