如何在 bcftools 中使用插件命令？
How to use plugin commands in bcftools?
我的目标是使用 bcftools 检查我的数据集（vcf 文件）中的参考等位基因是否与使用 fixref 插件的参考基因组（fasta 文件）匹配。
在命令行上工作，我首先设置了以下环境：
export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
对于不匹配的测试数据集，建议使用以下代码：
bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top
当我运行此代码使用我自己的文件时（请注意我的数据是.vcf，而不是.bcf）我得到以下错误：
[main] Unrecognized command
如果我简单地输入：
bcftools
我得到了我可以使用的仅有的 5 个命令（view、index、cat、ld、ldpair）的列表。所以虽然我已经设置了环境，但它是否需要以某种方式被激活？我是否需要通过 bash 脚本 运行 我的命令？
bcftools
指向 ../bin/ 中已弃用的 bcftools (0.1.19) 版本，而
BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
指向 /bin/
之外的 bcftools 版本 1.10.2 的插件
替换 ../bin/bcftools（0.1.19 为 1.10.2）是解决方法。
我的目标是使用 bcftools 检查我的数据集（vcf 文件）中的参考等位基因是否与使用 fixref 插件的参考基因组（fasta 文件）匹配。
在命令行上工作，我首先设置了以下环境：
export BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
对于不匹配的测试数据集，建议使用以下代码：
bcftools +fixref test.bcf -Ob -o output.bcf -- -f ref.fa -m top
当我运行此代码使用我自己的文件时（请注意我的数据是.vcf，而不是.bcf）我得到以下错误：
[main] Unrecognized command
如果我简单地输入：
bcftools
我得到了我可以使用的仅有的 5 个命令（view、index、cat、ld、ldpair）的列表。所以虽然我已经设置了环境，但它是否需要以某种方式被激活？我是否需要通过 bash 脚本 运行 我的命令？
bcftools
指向 ../bin/ 中已弃用的 bcftools (0.1.19) 版本，而
BCFTOOLS_PLUGINS=/path/to/bcftools/plugins
指向 /bin/
之外的 bcftools 版本 1.10.2 的插件替换 ../bin/bcftools（0.1.19 为 1.10.2）是解决方法。