Snakemake

Question

我没能成功运行为 StringTie 创建这个小的 snakemake 程序； dry-运行给出了 "rule stringt" 的 MissingInputException 错误，我无法理解这里的问题，因为相同的目录结构适用于不同的 snakemake 程序。

我已经使用 "hisat2" 生成了 bam 文件并且位于目录：“/alternate_splice/bam_out/”，存储为“bamdir”。

snakemake 应该能够找到输入文件，因为名称和位置是合适的，但是它每次都会抛出错误。

我看了之前的snakemake相关问题，但是没能解决这个问题。如果有人能在这里帮助我，那就太好了！

There are 4 samples: for the wildcards, it takes the list from the directory which has the fastq files

~/alternate_splice/expdata$ ls -ltr
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1306438351 Jan  2 09:46 TL-19-DA4299_T_RSQ1_2.fastq.gz
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1185743896 Jan  2 09:46 TL-19-DA4299_T_RSQ1_1.fastq.gz
> 
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1896352262 Jan  9 08:49 TL-20-24D57D_T_RSQ1_2.fastq.gz
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1730191383 Jan  9 08:49 TL-20-24D57D_T_RSQ1_1.fastq.gz
> 
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3215901253 Mar 25 10:28 BREAST_817_N1_RNA_REP1_1.fastq.gz
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3396212102 Mar 25 10:36 BREAST_817_N1_RNA_REP1_2.fastq.gz
> 
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3633768287 Mar 25 10:45 BREAST_792_N1_RNA_REP1_1.fastq.gz
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3932340643 Mar 25 10:54 BREAST_792_N1_RNA_REP1_2.fastq.gz

蛇文件在这里： "bamdir" = bam 输出的目录 "geneGTF" = 定位 GFT 文件

两条规则：1.stringt 2.merge

 (SAMPLE,)=glob_wildcards("/home/shivani/alternate_splice/expdata/{sample}_1.fastq.gz")
#(SAMPLE,)=glob_wildcards("/home/shivani/alternate_splice/bam_out/{sample}.bam")
 bamdir = "/home/shivani/alternate_splice/bam_out/"
 refere_genome = "/home/shivani/ccb1_shivani/hisat2_trans_bam/hisat2_index/"
 geneGTF = "/home/shivani/stringtie_run/Homo_sapiens.GRCh37.87.gtf"

rule all:
        input:
               expand(bamdir+"{sample}_transcript.gft",sample=SAMPLE),
               expand(bamdir+"{sample}_abundance.tsv",sample=SAMPLE),
               expand(bamdir+"{sample}_coverage.gtf",sample=SAMPLE)
               expand(bamdir+"{sample}_stringtie_merge.gtf",sample=SAMPLE)


rule stringt:
        input:
                bm=bamdir+"{sample}.bam",
                gtf=geneGTF,
                tname="{sample}"
        output:
                tscripts=bamdir+"{sample}_transcript.gft",
                abund=bamdir+"{sample}_abundance.tsv",
                cov=bamdir+"{sample}_coverage.gtf"
        shell:
                """stringtie -p 4 -e -c 3.5 -G {input.gtf} -o {output.tscripts} -A {output.abund} -C {output.cov} -l {sample}{input.bm}"""


rule merge:
       input:
               trnsgtf=bamdir+"{sample}_transcript.gft",
               ggtf=geneGTF
       output :bamdir+"{sample}_stringtie_merge.gtf"
       shell:"stringtie -p 4 --merge -G {input.ggtf} -o {output} {input.trnsgtf}"

这个snakemake的干运行：我没有使用"Snakefile"作为指定名称，而是使用"stringtie_trans"

snakemake -n -r -s stringtie_trans

输出结果如下：

MissingInputException in line 20 of /home/shivani/alternate_splice/stringtie_trans ::::
Missing input files :::: for rule stringt: BREAST_792_N1_RNA_REP1

Answer 1

作为输入，您有一个名为 tname 的变量未被使用，我认为它是错误的：

rule stringt:
        input:
            bm=bamdir+"{sample}.bam",
            gtf=geneGTF,
            tname="{sample}"  <-- should this be here?

Snakemake - 第 20 行缺少 MissingInputException：缺少规则字符串的输入文件：

Snakemake - Missing MissingInputException in line 20: Missing input files for rule stringt:

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