如何在我的条形图误差条中使用 SE 代替 SD？另外，如何更改 x 轴组的顺序

Question

我创建了一个条形图，显示狐猴群体在不同行为上花费的时间比例。但是我遇到了两个问题。

1) 我曾希望使用标准误差条代替我的标准偏差条。我不确定如何将它合并到我现有的代码中。我当前的 ggplot 输出如下：

 data_summary <- function(data, varname, groupnames){
  require(plyr)
  summary_func <- function(x, col){
    c(mean = mean(x[[col]], na.rm=TRUE),
      sd = sd(x[[col]], na.rm=TRUE),)
  }
  data_sum<-ddply(data, groupnames, .fun=summary_func,
                  varname)
  data_sum <- rename(data_sum, c("mean" = varname))
  return(data_sum)
}

df4 <- data_summary(mydata_bc, varname="Time", 
                    groupnames=c("Group", "Behaviour"))

p <- ggplot(df4, aes(x=Behaviour, y=Time, fill=Group)) + 
  geom_bar(stat="identity", position=position_dodge()) +
  geom_errorbar(aes(ymin=Time-sd, ymax=Time+sd), width=.2,
                position=position_dodge(0.9))

2) 我也曾希望改变我在 x 轴上的行为顺序。

如有任何帮助，我们将不胜感激。

当前条形图

我的 csv 数据：https://drive.google.com/file/d/1UWJoluv3MWwXoQg2zcDORDJiWuIA8j4f/view?usp=sharing

Answer 1

我替换了：

sd = sd(x[[col]], na.rm=TRUE)

有：

se = sd(x[[col]], na.rm=TRUE) / sqrt(sum(!is.na(x[[col]])))

SD除以长度的平方根。

您的 data_summary 函数中还有一个额外的逗号。

您可以通过重新排序因子来更改列的顺序。

mydata_bc$Behaviour <- factor(mydata_bc$Behaviour, levels = c("Resting","Feeding","Socialising","Locomotion"))

然后就可以画图了

 data_summary <- function(data, varname, groupnames){
  require(plyr)
  summary_func <- function(x, col){
    c(mean = mean(x[[col]], na.rm=TRUE),
      se = sd(x[[col]], na.rm=TRUE) / sqrt(sum(!is.na(x[[col]]))))
  }
  data_sum<-ddply(data, groupnames, .fun=summary_func,
                  varname)
  data_sum <- rename(data_sum, c("mean" = varname))
  return(data_sum)
}

mydata_bc$Behaviour <- factor(mydata_bc$Behaviour, levels = c("Resting","Feeding","Socialising","Locomotion"))

df4 <- data_summary(mydata_bc, varname="Time", 
                    groupnames=c("Group", "Behaviour"))

p <- ggplot(df4, aes(x=Behaviour, y=Time, fill=Group)) + 
  geom_bar(stat="identity", position=position_dodge()) +
  geom_errorbar(aes(ymin=Time-se, ymax=Time+se), width=.2,
                position=position_dodge(0.9))

如何在我的条形图误差条中使用 SE 代替 SD？另外，如何更改 x 轴组的顺序

How do I incorporate SE in place of SD in my bar chart error bars? Also, how do I change the order of my x-axis groups

error-handling

r

bar-chart

standard-deviation

errorbar