What might explain the [blastall] ERROR: Arguments must start with '-' error?

Question

我正在尝试使用 bash 传输 QuerySequences 以在 ReferenceGenome 上执行 blastn。问题是我有很多序列，为了避免生成一个包含很多不必要寄存器的文件（内存问题），我想将我的输出限制为同一性百分比为 90% 或更高的结果。

我有运行以下没有标志的脚本，我稍后会提到它，它运行良好。

   #-perc_identity 80?????
   blastall -p blastn -d ReferenceGenome -i QuerySequences -G 1 -E 2 -W 15 -F "m D" -U -e 1e-20 -m 8 -a 8 -o NAME.blast.out

但是，当我尝试使用 -perc_identity 90 标志时，出现以下错误。

 [blastall] ERROR: Arguments must start with '-' (the offending argument #4 was: '90')

我已经在几个位置证明了标志（在 blastn 之后，在 Querygenome 之后，在 "m D" 之后），唯一改变的是错误中 # 之后的数字。

有人知道这个错误的可能原因吗？

非常感谢您的帮助。

Answer 1

我认为没有最小身份百分比参数。有一些选项可以将输出结果限制为 X 次命中。

同一性百分比甚至没有那么有用，因为它没有考虑命中的长度。 e-value 将身份和长度考虑在内，为您提供对齐偶然发生的可能性。

通常，我认为人们通常做的是取回命中并根据 e-value 取最好的 X 命中。请记住，e-value 越低越好。

Answer 2

您正在尝试将 Blast+ 选项与旧程序 blastall 结合使用。尝试安装 blast+ 和运行 blastn 程序

What might explain the [blastall] ERROR: Arguments must start with '-' error?

What might explain the [blastall] ERROR: Arguments must start with '-' error?

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