如何从二进制 table/matrix 创建表达式输入样式格式？

Question

我的 R 脚本中有这样的二进制 table：

>class(forCount)
[1] "table"

>forCount

                          Gene
Filename    CTX-M-27    IMI-1   IMP-39  IMP-4   KPC-2   NDM-1
batch0_01032019_ENT1    0   1   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT2    0   0   0   0   1   1
batch0_01032019_ENT3    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT4    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT5    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT6    0   0   0   0   0   1
batch0_01032019_ENT7    0   0   0   0   0   1

如何从中获取以下信息？

NDM-1                  5
NDM-1&IMI-1        1
NDM-1&KPC-2      1

Edit1：以上数据是虚拟数据。根据@RonakShah 请求添加输出信息。这是我在 table.

中的数据样本

> dput(forCount)
structure(c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
0L, 0L, 0L), .Dim = c(6L, 16L), .Dimnames = structure(list(AssemblyFile = c("batch0_01032019_ENT1110", 
"batch0_01032019_ENT1125", "batch0_01032019_ENT1332", "batch0_01032019_ENT1349", 
"batch0_01032019_ENT1449", "batch0_01032019_ENT1607"), CPGene = c("", 
"CTX-M-27", "IMI-1", "IMP-39", "IMP-4", "KPC-2", "NDM-1", "NDM-4", 
"NDM-5", "NDM-7", "NDM-9", "OXA-181", "OXA-23", "OXA-232", "OXA-48", 
"VIM-4")), .Names = c("AssemblyFile", "CPGene")), class = "table")

从上面粘贴的 dput 数据，我期望得到以下输出，它来自 6 个样本，5 个样本有 KPC-2，1 个样本有 KPC-2 和 CTX-M-27。

KPC-2                       5
KPC-2&CTX-M-27     1

Answer 1

您可以将 table 转换为数据框并将列名粘贴到每行中，其中的值是 1，然后使用 table 计算它们的出现次数。

df <- as.data.frame.matrix(forCount)
table(apply(df, 1, function(x) paste(names(df)[which(x == 1)], collapse = " & ")))

#CTX-M-27 & KPC-2            KPC-2 
#               1                5

Answer 2

我们可以将数据转换为tibble，然后使用tidyverse方法

library(dplyr)
as_tibble(forCount) %>%
    filter(n ==1) %>%
    group_by(AssemblyFile) %>% 
    summarise(CPGene = toString(CPGene)) %>%
    count(CPGene)
# A tibble: 2 x 2
#  CPGene              n
#* <chr>           <int>
#1 CTX-M-27, KPC-2     1
#2 KPC-2               5

如何从二进制 table/matrix 创建表达式输入样式格式？

How to create expression input style format from binary table/matrix?

r

data-conversion

binary-matrix