Python NCBIWWW（悬挂负载）

Question

晚上好 Whosebug Pham，

我正在尝试使用 Biopython 的 NCBIWWW 功能来快速查找 <750 的蛋白质-肽比对。我遇到的问题似乎是启动我的程序时挂起的负载。请参阅下面的代码：

import Bio
from Bio import Seq
from Bio.Blast import NCBIWWW
import tkinter as tk
from tkinter import filedialog

# Use filedialog to locate txt file for query
protein_file = filedialog.askopenfilename()
print(protein_file)

# Parse the txt file, opening and read to VERIFY grab
protein_file = open(protein_file)
protein_read = protein_file.read()
print(protein_read)

# Take query and run to determine homologous alignments of like proteins
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "nt", protein_read)
result_handle = result_handle.open('r')
print(result_handle)

一旦我运行程序 (Ctrl + Shift + F10)，第一次 它成功了！ 但是现在，它只是挂了几个小时。为了解决这个问题，我开始通读 Biopython Cookbook 以找出我的代码无法运行的原因。这是我试过的。

验证语法
重写代码

我附上了一张屏幕截图，希望能提供更多背景信息……但我真的迷路了。

有什么建议吗？

谢谢 SO 团队！

~D

Answer 1

答案来自@Chris_Rands

发现问题 - "nt" 的调用数据库应该是数据库 "nr"

关闭请求！

Python NCBIWWW（悬挂负载）

Python NCBIWWW (Hanging Load)

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