多个并行进程写入 SGE 集群上的同一文件

Question

我目前正在 SGE 集群上工作，并且有代码可以并行提交许多作业，这些作业是用 python 编写的。

我的代码末尾的输出是一组包含数字数据的文件。每个 python 作业执行一些计算，然后依次输出到每个文件。为了输出到文件，我的代码读入文件中的数据，将计算的内容添加到数据中，然后输出回文件。

我的问题是这样的；因为所有作业都是运行并行的，并且所有作业都对每个输出文件都有贡献；我的工作相互冲突。我经常收到有关不兼容文件大小等的错误。我认为原因是有时两个作业会尝试同时读取文件并发生冲突。

我的问题是：当运行并行处理（可能很多）多个作业，每个作业多次对同一个文件做出贡献时，是否有一种好的做法可以确保它们不会尝试同时写入文件？这个问题有 pythonic 或 SGE 解决方案吗？

我的天真想法是有一个 txt 文件，其中包含一个 1 或 0 指示当前是否正在访问文件，并且作业只会在访问时写入文件value 设置为 0，并在输出时将值更改为 1。这是一种不好的做法吗？/愚蠢的想法？

Answer 1

确保跨多个线程（即同一进程中的并行任务运行）安全的常见做法是使用 mutex。由于这将是运行在多个进程中，因此需要在进程外部获取锁。

您描述的解决方案是锁定机制的精简版。您可以存储一个值或一个文件，例如通过创建 file1.txt.lock 锁定 file1.txt 并确保在写入 file1.txt.

之前不存在这样的文件

但是，由于这是一个常见问题，因此已经有多种文件锁定机制可用，包括来自 python。

根据 this post 你可以像这样获取文件锁：

from filelock import FileLock

with FileLock("myfile.txt.lock"):
    print("Lock acquired.")
    with open("myfile.txt"):
        # work with the file as it is now locked

请查看评论和其他答案，找到替代解决方案，了解如何根据您的特定需要最好地获取文件锁。

Answer 2

您可以通过让每个并行进程写入一个单独的文件来保持设计简单。然后，当所有流程都完成后，让最终流程收集所有结果并将它们合并到一个输出文件中。这是 HPC 处理管道的常见模式。

多个并行进程写入 SGE 集群上的同一文件

Multiple parallel processes writing to the same file on SGE cluster

python

file

file-io

sungridengine