在 mac 上安装 ProStaR

Question

我正在尝试使用 Rstudio（R 版本 3.6.3）安装 ProStaR 和 DAPAR 包。按照说明手册 (https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DAPAR/inst/doc/Prostar_UserManual.pdf) 中的说明，在运行之后添加以下代码：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version='3.10')

BiocManager::install("DAPAR")
BiocManager::install("Prostar")


library(Prostar)
Prostar()

我收到以下错误消息：

>library(Prostar)
Error: package or namespace load failed for ‘Prostar’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'shiny', details:
  call: NULL
  error: invalid version specification ‘1,5’
> Prostar()
Error in Prostar() : could not find function "Prostar"

尝试单独安装 shiny 包时：

install.packages("shiny")
library("shiny")

我收到同样的错误信息：

Error: package or namespace load failed for ‘shiny’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'shiny', details:
  call: NULL
  error: invalid version specification ‘1,5’

我不得不说我对 R 还不是很熟悉。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

您没有在您的设置中包含多个项目的版本，所以这可能是由于组件不匹配（而不是我最初的猜测是由于使用的任何镜像的损坏包造成的。）我需要升级到 R 3.6.3 以匹配您设置的那个方面，并且在此过程中注意到 Catalina OS 用户需要不同版本的 R。我在 Mojave 上，所以我的版本现在在启动时产生这个：

R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)

然后我需要更新我的 BioConductor 安装，这相当快，但是安装 DAPAR 包需要很长时间，因为依赖项列表很长，其中一些具有未满足的依赖项，需要反复尝试才能完成该过程.然后 Prostar 软件包安装有另一批未满足的依赖项。在最终安装了所有未满足的依赖项之后，我无法重现错误，所以我认为你应该使用另一个存储库。我建议先做类似的事情：

options(repos = "https://cloud.r-project.org/")

或者从 Rstudio 设置面板中选择该镜像规范。然后再试一次。

我想这个问题可能是由于编译器的版本不匹配引起的。 MacOS 的 CRAN 页面说需要 clang 7。在我的设置中，我得到了这个（在终端 window）

Comutername:~ myusername$ clang --version
Apple clang version 11.0.0 (clang-1100.0.33.12)
Target: x86_64-apple-darwin18.7.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin

对于 gfortran，我得到：

GNU Fortran (GCC) 4.2.3
Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc.

我从 R.app 界面安装了所有 R 包，所以我想可能需要 Rstudio 包安装过程中的一些不当之处来解释这一点。显然，所有系统安装，如 clang 和 gfortran（可能还有 PROJ 和其他 GIS 包）都需要从终端命令行完成。有时从最小界面进行所有这些安装更安全，甚至可能从终端 window 中的 R 运行。我通常在 R.app（超过 12 年的时间）方面运气不错，而在 Rstudio 方面的结果不太一致。

在 mac 上安装 ProStaR

Installing ProStaR on mac

r

installation

bioconductor