如何使用 rpy2 api 从 python 脚本正确获取 R sessionInfo()？

Question

我正在尝试通过在 python 脚本中使用 rpy2 来获取 R sessioninfo()，原因是我要从 python 调用 api 到自定义 R 库。我想尝试的基本事情是使用简单的 python 脚本获取当前 R sessioninfo() 。

我的尝试:

这是我尝试遵循此 SO post:

的尝试

import rpy2.robjects as robjects
import os

os.environ['R_HOME'] = "C:/PROGRA~1/R/R-36~1.3"
robjects.r('''
       source('myfunc.r')
''')

myfunc = function(){
  return(sessionInfo())
}

我在 R studio 中使用 Sys.getenv('R_HOME') 或 R.home() 得到了 R_HOME。

新的更新尝试:

根据@Parfait的建议，我也试过这样：

pip install .\rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl

import os
os.environ['PYTHONHOME'] = r"C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37"
os.environ['PYTHONPATH'] = r'C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages'
os.environ['R_HOME'] = r'C:\Program Files\R\R-3.6.3'
os.environ['R_USER'] = r'C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\rpy2'

# importing rpy2
import rpy2
import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        ''')

r_f = robjects.r['f']
res = r_f(3)
print(res[0])

但现在我得到另一个错误：

>     ---------------------------------------------------------------
>         OSError                       Traceback (most recent call last)
>         <ipython-input-27-b5597ba1add5> in <module>
>               1 import rpy2
>         ----> 2 import rpy2.robjects as robjects
>               3 import itertools
>               4 from datetime import datetime
>               5 import rpy2.rinterface as rinterface
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py
> in <module>
>              14 import itertools
>              15 from datetime import datetime
>         ---> 16 import rpy2.rinterface as rinterface
>              17 import rpy2.rlike.container as rlc
>              18 
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py
> in <module>
>              44 
>              45 if sys.platform == 'win32':
>         ---> 46     _load_r_dll(R_HOME)
>              47 
>              48 # cleanup the namespace
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py
> in _load_r_dll(r_home)
>              28     if r_bin not in os.environ.get('PATH'):
>              29         os.environ['PATH'] = ';'.join((os.environ.get('PATH'), r_bin, r_mod))
>         ---> 30     ctypes.CDLL(r_dll)
>              31 
>              32 R_HOME = get_r_home()
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\ctypes\__init__.py
> in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
>             362 
>             363         if handle is None:
>         --> 364             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
>             365         else:
>             366             self._handle = handle
>         
>         OSError: [WinError 126] The specified module could not be found

现在我可以导入 rpy2 也可以导入 rpy2.robjects，但无法正确获取 R sessionInfo()。还有什么想法吗？谢谢

期望输出:

我只想在 jupyternotebook 或 python 脚本中使用 rpy2 打印出 R sessionInfo()？任何解决方案可以实现这一目标？有什么想法吗？非常感谢

Answer 1

我运行在我的 windows 机器上遇到同样的问题，你遇到这个问题是因为你没有将 R 安装路径添加到系统变量。您应该执行以下操作：

打开 Control Panel\System and Security\System，打开 Environment Variables，找到 System Variables，然后 select Path 添加 C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x64 到您的系统变量。确保从 uci website 安装 rpy2，下载 rpy2.whl 然后 pip install rpy2.xx.xx.whl

然后在您的 python 脚本中进行此设置：

import os


os.environ['PYTHONHOME'] = r"C:\Users\me\AppData\Local\Programs\Python\Python37"
os.environ['PYTHONPATH'] = r"C:\Users\me\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages"
os.environ['R_HOME'] = r"C:\Program Files\R\R-3.3.2"
os.environ['R_USER'] = r"C:\Users\me\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\rpy2"

import rpy2
import rpy2.robjects as robjects

pi = robjects.r['pi']
print(pi)

这个问题可以马上解决你的问题。

如何使用 rpy2 api 从 python 脚本正确获取 R sessionInfo()？

how to correctly get R sessionInfo() from python script with rpy2 api?

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