Snakemake 不读取 R 中的完整文件？

Question

我正在使用一些快速 R 脚本在执行量化后 cbind 文件 (kallisto/salmon)。问题是，我收到一个 R 错误，说我的输入文件长度不一样，所以 cbind() 将不起作用。
这显然不是这种情况，它们都是 16887 行（用 bash wc 检查），并且在没有 snakemake 的 R 中它工作得很好。

另外值得一提的是，我确实得到了随机样本数（~ 1 到 4）的输出。

这是 R 代码：

sample <- read.table(snakemake@input[[1]], sep = "\t", header = TRUE)
if (!file.exists(snakemake@params[[1]])) {
  merge <- data.frame(sample)
} else {
  merge1 <- read.table(snakemake@params[[1]], sep = "\t", header = TRUE)
  merge <- cbind(merge1, sample[,2, drop=F])
}
write.table(merge, snakemake@params[[1]], sep = "\t", quote = F, row.names = F)
file.create(snakemake@output[[1]])

和 snakemake 规则：

rule merge_quantif:
        input:
            QUANTIF+"/{sample}/quantif.txt"
        output:
            QUANTIF+"/{sample}/merge.done"
        params:
            QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"
        script:
            "Tools/merge_quantif.R"

我的文件是这样的:

Gene    R1
A1BG    0.287571
A1CF    0
A2M 0.198756
A2ML1   0
A2MP1   0
A3GALT2 0
A4GALT  3.098108

输出应该是这样的，但是包含所有 17 个样本

Gene    R4  R8  R15 R13
A1BG    0.337515    0.284943    0.488654    0.587114
A1CF    0   0   0   0
A2M 0   0   0.105159    0.009539

如果有人有解决此问题的想法，将不胜感激。

------------ 编辑修改 R 代码以与 asnwer 一起使用：

sample <- snakemake@input

merge <- read.table(sample[[1]], sep = "\t", header = T)
for (i in 2:length(sample)) {
  x <- read.table(sample[[i]], sep = "\t", header = T)
  merge <- merge(merge, x, by="Gene")
}

write.table(merge, snakemake@output[[1]], sep = "\t", quote = F, row.names = F)

Answer 1

我认为问题在于规则 merge_quantif 对每个样本执行，即 17 次，可能是并行的。但是，merge_quantif 的每个运行都写入同一个输出文件 (QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt")，因为在你的 R 脚本中你有 write.table(merge, snakemake@params[[1]], ...)。我怀疑这会导致问题或至少不是理想的设置。我怀疑你想要的是这样的：

rule merge_quantif:
        input:
            expand(QUANTIF+"/{sample}/quantif.txt", sample= list_of_samples)
        output:
            QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"
        script:
            "Tools/merge_quantif.R"

其中Tools/merge_quantif.R逐个读取输入文件列表，合并它们，最后将合并后的文件写入QUANTIF+"/all_sample_quantified.txt"

Snakemake 不读取 R 中的完整文件？

Snakemake doesn't read full file in R?

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