我怎样才能使 R 的输出更详细，以便让我确信它还没有损坏？

Question

我经常运行代码会占用大量 RAM，并且可能需要长达一个小时才能给出输出。通常，我会花半小时运行编写这样的代码，然后我会担心出现问题。有什么办法可以让 R 向我保证还没有任何错误吗？我想我可以将里程碑放入代码本身，但我想知道 R（或 RStudio）中是否有任何东西可以在运行时间自动完成这项工作。例如，查看代码使用了多少内存会很方便，因为这样一来，每当我看到内存使用量发生显着变化时，我就会确信它仍在工作。

Answer 1

如果您是运行 RStudio 中的 R 脚本文件，请使用 "Source with Echo" 选择（Ctrl+Shift+Enter，或通过下拉菜单）。

Answer 2

一种方法是：

制作一个包含所有内容的独立文件运行，
采购它并在代码完成时收到警告，可能有错误。

下面的小函数warn_me：

运行s 源文件位于“路径”
可能会捕获错误，如果存在错误
运行结束时播放声音
发送电子邮件报告运行的状态：成功或失败
可选：播放声音直到您停止播放，这样您就不会错过它的结束

这里是：

warn_me = function(path, annoying = FALSE){
    # The run
    info = try(source(path))
    
    # Sound telling it's over
    library(beepr)
    beep()
    
    # Send an email with status
    library(mailR)
    msg = if(inherits(info, "try-error")) "The run failed" else "It's over, all went well"
    
    send.mail(from = "me@somewhere.com",
              to = "me@somewhere.com",
              subject = msg,
              body = "All is in the title.",
              smtp = list(host.name = "smtp.mailtrap.io", port = 25,
                          user.name = "********",
                          passwd = "******", ssl = TRUE),
              authenticate = TRUE,
              send = TRUE)
    
    if(annoying){
        while(TRUE){
            beepr::beep()
            Sys.sleep(1)
        }
    }
}

warn_me(path)

我自己没有测试包 mailR，但是任何电子邮件发送包都可以。请参阅此 excellent page on sending emails in R 了解替代方案。

Answer 3

你可能会喜欢我的包裹 {boomer}.

如果您 rig() 您的函数，它的所有调用都将在代码执行时展开并打印出来。

例如

# remotes::install_github("moodymudskipper/boomer")
fun <- function(x) {
  x <- x + 1
  Sys.sleep(3)
  x + 1
}

library(boomer)

# rig() the function and all the calls will be exploded
# and displayed as they're run
rig(fun)(2)

我怎样才能使 R 的输出更详细，以便让我确信它还没有损坏？

How can I make R's output more verbose so as to reassure me that it hasn't broken yet?

memory

r

verbosity